Применительно к этим двум опорным точкам и было проработано несколько десятков вариантов трассы канала, отличающихся друг от друга отдельными отклонениями на различных участках. Окончательно же выбранная и проложенная трасса судоходно-водоводного, участка канала кратко рисуется в следующем виде.

От Иваньковского водохранилища трасса судоходно-водоводного канала направляется на юг с небольшим отклонением на юго-восток к Дмитрову. На этом участке в 4 км от Волги канал пересекает р. Сестру, которая пропускается в трубу под каналом. Далее, в связи с подъемом местности на 14-м км от Волги сооружен шлюз. № 2, по которому суда, идущие с Волги, поднимаются на б—9 м в зависимости от уровня воды в Иваньковском водохранилище. Подаваемая же по каналу вода поднимается здесь при помощи специальных насосов, размещенных в построенной рядом со шлюзом насосной станции.

На всем участке до Дмитрова канал проходит по лесистой, сильно заболоченной местности, пересекая ряд болот Бугай-Зерца-ловское, Дядьково-Петраковское, Татищевское и отдельные возвышенности Лесозаводский, Михайловский, Оревский и другие бугры.

Южнее Дмитрова канал идет по долинам рек Яхрома и Икша почти меридионально, вдоль Савеловской ж.-д. линии до ст. Икша. Здесь канал делает резкий поворот на юго-восток, придерживаясь, долины речки Черной, по которой и следует до впадения ее в р. Вязь, близ с. Пестово.

Отсюда канал направляется к югу, прорезает водораздел между реками Вязь и Уча и, повернув на юго-запад, входит в долину р. Клязьмы, по которой и следует до 106-го км. По выходе из долины р. Клязьмы канал снова принимает южное направление и пересекает так называемой «Глубокой выемкой» Клязьминско-Химкинский водораздел южнее ст. Хлебниково. Далее канал проходит долиной р. Химки и спускается по крутому склону Волжско-Московского водораздела в Москва-реку у с. Щукино.