Тщательнейшим образом очищались участки перенесенных построек: вся территория дворов или хозяйств очищалась до здорового свежего грунта и хлорировалась; подвалы, уборные и выгребные ямы освобождались от нечистот и засыпались чистым грунтом. Чистым грунтом засыпались и грунтовые колодцы. Каменные строения разбирались или взрывались. Территории заводских предприятий очищались от поверхностного грунта на глубину, определявшуюся путем шурфования. Участки кладбищ и скотомогильников укреплялись особым способом от размыва и т. д. Всего из зон затопления водохранилищ вывезено загрязненного грунта свыше 150 тыс. ж3.

Вокруг Нижнеучинского отстойника водохранилища зона строгой санитарной охраны установлена до линии водоразделов. Вдоль остальных водохранилищ, а также всего канала строгая санитарная зона распространяется на 150 м в обе стороны от уреза воды. При этом по Водопроводному каналу граница этой зоны ограждена колючей проволокой, преграждающей доступ к каналу посторонним лицам, животным и т. п. Границами же зоны ограничения являются линии водоразделов бассейнов рек и притоков, тяготеющих как к водохранилищам, так и к каналу.

Для судоходства по каналу ввиду его специфического назначения установлены особые санитарные условия и предусмотрены соответствующие приспособления. Так, суда, плавающие по каналу, оборудованы устройствами, не допускающими «спуск в канал загрязненных фекальных вод, нечистот и т. п. На конечных пунктах линии Москва — Калинин сооружены фекальные станции, принимающие с судов накопленные в пути фекалии и нечистоты. В дальнейшем после постройки Угличской плотины на Волге и развития сообщения между каналом и Нижней Волгой соответствующая фекальная станция должна быть установлена также в нижнем бьефе Иваньковского водохранилища.