Берега и дно реки очищаются от ила. Глубина реки путем устройства плотины и землечерпания доводится не менее чем до 2 м. Берега реки оформляются железобетонными стенками. Руслу придается плавное очертание; спрямляются резкие петли и изгибы реки, затрудняющие судоходство. Вдоль набережных устраиваются асфальтированные проезды для автомобильного и пешеходного движения.

В устьевом участке Яузы 2 км уровень воды был поднят до отметки 120 м еще весной 1937 г. в связи с постройкой Перервинской плотины, поскольку Яуза непосредственно впадает в Москва-реку. Выше по течению нужные судоходные глубины обеспечиваются сооружением близ парка «1 Мая» плотины, рассчитанной на подпор воды до отметки 124 м. Преодоление судами этой водной ступени в 4 ж осуществляется при помощи размещенного рядом с плотиной однокамерного шлюза длиной 35 м и шириной 10 м.

Подпор воды и регулирование русла Яузы позволяют осуществить по всему реконструированному участку реки плавание небольших речных катеров водных трамваев и барж. Серьезную задачу в деле реконструкции Яузы представляет собой переустройство пересекающих реку мостов. Многие, из существующих мостов очень стесняют реку, особенно во время половодья.

Плавать под мостами нельзя не только судам, но даже лодкам. Поэтому 13 таких мелких мостов, пересекающих сейчас Яузу, сносятся. Вместо них строятся 4 новых высоких и широких моста. Малый Устьинский мост, пересекающий Яузу у самого устья, уже построен и сдан в эксплуатацию.

С постройкой капала Москва — Волга, обеспечившего подход к г. Москве крупнейших волжских судов, и реконструкцией самой Москва-реки в пределах города единственным препятствием к проходу по новой водной магистрали столицы служили ее старые мосты.