Комплексное значение канала Москва—Волга не только как транспортно-энергетического, но и водопроводного сооружения потребовало целой системы сложных и многообразных санитарно-гигиенических мероприятий для обеспечения надлежащего качества подаваемой по нему воды. Главнейшими из них являются:

1    Санитарная обработка ложа водохранилищ до их заполнения водой.

2    Очистка прилегающих к каналу территорий в особенности по Нижнеучинскому водохранилищу и Водопроводному каналу от загрязняющих канал строений, предприятий и пр.

3    Установление вдоль трассы канала и его водохранилищ специальных режимных зон: а строгой санитарной охраны и б санитарных ограничений. 

4    Облесение и озеленение прилегающих к каналу территорий для предотвращения попадания в него пыли и других органических веществ.

5    Установление специальных санитарных правил эксплуатации канала и его сооружений с оборудованием вдоль него, а также на плавающих по нему судах соответствующих санитарно-технических устройств.

Ввиду исключительно большого значения этих мероприятий Союзным правительством в 1935 г., было поручено СНК РСФСР разработать и издать специальные санитарные правила для постройки и эксплуатации канала постановление СНК — РСФСР от 27 января 1936 г. о санитарной охране канала.

Кроме того для постоянного наблюдения за надлежащей санитарной подготовкой канала и его эксплуатацией правительством была создана Государственная санитарная инспекция по каналу Москва—Волга.

Наиболее трудоемкой работой явилась санитарная очистка ложа водохранилищ. Очисткой предусматривалось максимальное освобождение ложа водохранилищ от органических загрязнений и остатков растительности. Для этой цели все деревья и кустарники сносились на корню и порубочные остатки сжигались.