С постройкой Большого Кремлевского дворца собор оказался затесненным в его внутреннем дворе, исчез из панорам Кремля с Москвы-реки. Французский путешественник Астольф де Кюстин писал в книге «Россия в 1839 году «Готовя двору более удобное пристанище, строители уже окружили оградой маленькую церковь Спаса на Бору. Это святилище, насколько мне известно, самое древнее в Кремле и во всей Москве, скоро, к великому огорчению всех, кто любит древние здания и живописные виды, исчезнет за белыми гладкими стенами, которыми его окружают. Более же всего претит мне смехотворный трепет, с каким свершается это осквернение святыни: предметом неподдельной гордости

служит тот факт, что старинный памятник не сравняют с землей, но похоронят заживо в дворцовой ограде. Вот таким образом примиряют здесь официальный культ прошлого с пристрастием к комфорту. Что не смог сделать враг, то совершается теперь».

Через сто лет новые хозяева кремлевских дворцов смогли, сравняв собор с землей, окончательно довершить, что не смог сделать враг. А горькие слова французского маркиза сказаны будто о современной Москве, где «реконструкции» делают из палат XVII века бетонные офисы или элитные жилые дома с фальшивыми узорочными наличниками.

Даже скрывшись из виду, собор Спаса на Бору оставался любим и почитаем москвичами. «Взглянув на этот храм, ровесника Москвы, — размышляет в «Седой старине Москвы» (1893) И.К Кондратьев, — невольно поражаешься странной противоположностью, которую он представляет с окружающим его Императорским дворцом; он кажется точно вросшим в землю, и крест средней главы едва равняется со вторым этажом дворца. Внутренность храма невелика, своды поддерживаются толстыми, несоразмерными столпами. Великолепия нет, но местные иконы достопамятны древностью». В 1913 году Спас на Бору стал образцом для нового Федоровского собора в Царском Селе, выстроенного к 300-летию династии Романовых; он считается и прототипом собора Марфо-Мариинской обители в Москве, построенного А.В. Щусевым.

Спас на Бору, и в самом деле «вросший в землю от бремени веков», как выразился о нем историк П.П. Свиньин, выглядел кремлевским патриархом, суровым, сохранившим дух первобытной московской древности.