Коллегия призывала правительство выехать из Кремля, но это обращение  даже не было рассмотрено.

Первоначально, как считает В.Ф. Козлов, советское правительство рассчитывало жить в Кремле временно, и было даже принято постановление Совнаркома о создании музея в Большом Кремлевском дворце, обсуждался проект Музея старого Кремля в Потешном дворце. Но нет, как известно, ничего постояннее временного. Новой власти в Кремле понравилось.

Музей в Большом Кремлевском дворце все-таки был открыт 26 января 1919 года, и в первые недели работы его посещало, по данным, приводимым ТА Тутовой, до 900 экскурсантов в день. Но просуществовал он недолго. Уже в 1923 году музейных работников Кремля поставили перед фактом передачи всех кремлевских дворцов в ведение «Управления Кремлем и домами ВЦИК». Музеи еще сопротивлялись, но в 1925 году их сотрудников просто перестали впускать в Большой Кремлевский дворец, а в Оружейную палату пришло предписание «срочно очистить бывшие верхние апартаменты», для чего пришлось ликвидировать создававшуюся в течение пяти лет экспозицию.

Тем временем новые хозяева деловито обживали Кремль. Памятники царям и великим князьям были убраны с кремлевских улиц. Монахов и монахинь Чудова и Вознесенского монастырей выселили. В Потешный дворец въехала автобаза, в Николаевский — Пулеметные курсы. С кремлевских башен и зданий в 1919—1923 годах посбивали, несмотря на протесты реставраторов, двуглавых орлов. В 1922-м провели «изъятие церковных ценностей» из кремлевских храмов — более 300 пудов серебра, более 2 пудов золота, тысячи драгоценных камней, вытащили даже раку патриарха Гермогена из Успенского собора. Большой Кремлевский дворец стали приспосабливать под проведение съездов Советов и конгрессов III Интернационала; в Золотой палате разместили кухню, а в Грановитой — общественную столовую. Малый Николаевский дворец тем временем превращали в клуб работников советских учреждений, в Екатерининской церкви Вознесенского монастыря решено было устроить спортзал, в Чудовом монастыре — развернуть кремлевскую больницу.

К 1929 году по распоряжению кремлевской комендатуры в Кремль прекратили допуск экскурсантов.