Этот же сюжет был воспроизведен и в рельефе восточного фасада храма Христа Спасителя. Св Алексий украсил храм «подписью, и иконами, и книгами, и златыми сосудами». По преданию, митрополит выбрал для своей могилы скромное место вне собора, но Дмитрий Донской велел похоронить его в храме, близ алтаря. «И положен бысть в церкви у Чюда в приделе благовещения святыя богородица», — говорит летопись.

К старинному чудовскому собору, безусловно, относится летописное известие 1405 года: «на Троицкой неделе во вторник, в обедню, бысть гром страшен, и. у Чуда у Михайлова Архимандрит с Черньци падоша на землю от страха; на долг час лежали обумерши».

В 1438 году верх храма упал, но из-под обломков мощи Алексия извлекли нетронутыми. Падение сводов собора, в те годы нередкое явление в московском строительстве, маститый искусствовед В.Н. Лазарев считает не проявлением «технической слабости зодчих», но результатом «новизны и сложности решавшейся задачи: «особое внимание московских зодчих привлекала разработка новой, своеобразной конструкции перекрытия храма и его пирамидальной композиции».

Церковь восстановили по указу великого князя Василия Темного, но к началу XVI века она снова обветшала. «Повелением великого князя Ивана Василиевича, розобраша старую церковь на Москве Архаггела Михаила Чюдо», —- сообщает летопись. Храм, однако, разобрали не полностью  и отстроили заново в 1501 —1503 годах. Освящен храм Чуда был в 1503 году митрополитом Симоном и новгородским владыкой Геннадием. Он достоял до советского времени, правда, в несколько измененном виде. И. Забелин предполагал, что строили собор итальянские зодчие (по одной из гипотез, это был Алевиз Новый, строитель Архангельского собора в Кремле, по другой — мастер из тех итальянцев во главе с Алоизио да Карезано, кто строил в те годы великокняжеский дворец в Кремле). Считается, что на фасадах чудовского собора впервые в истории русской архитектуры, ранее Архангельского собора в Кремле, была применена ордерная система.

«Ближайшим отзвуком фасадных декораций в духе Фиоравенти, — писал известный архитектор и историк русского зодчества XIX века Ф. Горностаев, — является храм Чуда Михаила Архангела в Чудовом монастыре.