Впрочем, когда Исидор вскоре «тайно ушел» из монастыря, великий князь Василий  велел не посылать за ним погони. После присоединения Иваном III Новгорода в 1480 году был заточен в обитель и провел в ней шесть лет, до самой смерти, новгородский архиепископ Феофил, обвиненный в «коромоле» против московского великого князя.

С Чудовым монастырем и его архимандритом 1480-х годов Геннадием (Гонзовым) связан любопытный эпизод церковно-государственных отношений тех времен. При освящении нового Успенского собора в Кремле великий князь Иван III сделал резкое замечание московскому митрополиту Геронтию, который, по его мнению, ошибочно повел крестный ход против солнца. Геронтий ссылался на греческий образец, а московские иерархи, поддержавшие великого князя, в том числе и Геннадий — на обычай. Геронтий, возмущенный вмешательством великого князя в церковный обряд, удалился в Чудов монастырь. Иван III вынужден был идти в обитель к нему на поклон. После этой маленькой чудовской «Каноссы», в январе 1483 года, Геронтий приказал посадить в ледник Чудова монастыря своего оппонента Геннадия, в будущем новгородского владыку, преследователя секты «жидовствующих» и заказчика первого русского перевода Библии. Летописец, правда, говорит, что Геннадий получил новгородское архиепископство за взятку: «а дал от того две тысячи рублев князю великому». Один из наследников Геннадия на посту архимандрита был в 1491 году бит кнутом на торгу за подделку княжеской грамоты. А в 1504 году Геннадий, обвиненный в мздоимстве с новгородских священников, оставил епархию и удалился в Чудов монастырь, где полтора года спустя умер. Узником Чудова был писатель, старец Симонова монастыря Вассиан Патрикеев, высказавшийся против развода и второго брака Василия III.

Согласно преданиям, в Чудовом монастыре принял в 1420-е годы постриг преподобный Тихон Калужский, основатель существующей доныне Тихоновой пустыни. В середине XVI века в Чудовом монастыре некоторое время жил старец Артемий, вождь заволжских «нестяжателей», с которым «многажды беседовавше» Иван Грозный, в XVII столетии — подвижник Елеазар Анзерский.