В нижнем ярусе подклета, в начале XX века уже совершенно скрывшемся под землей, по преданию, был заточен патриарх Гермоген; в верхнем ярусе подклета в 1913 году был устроен в его честь особый придел. Своды нижнего подземелья собора опирались на четыре столпа; оно имело три алтарные ниши; при раскопках в начале XX века здесь обнаружили железные цепи, ошейники, вериги, человеческие кости и черепа.

В 1929 году реставраторы и музейные работники до последнего пытались спасти собор Чуда. Успели разобрать иконостас, иконы ныне в кремлевских музеях. Также

удалось перенести из собора керамический портал XVI века. Реставраторы Д.П. Сухов и ПД. Барановский спешили обмерить собор, а художник С.С. Чураков «со товарищи» хотел снять хотя бы часть ценных фресок с его стен. Но не успели. После 11 декабря 1929 года, по сведениям В.Ф. Козлова, специальная комиссия ЦГРМ наметила 35 фрагментов фресок для снятия со стен. Комендатура Кремля пообещала, что в течение двух ближайших недель сносить собор не будут. Но 17 декабря 1929 года в 9 часов утра сотрудники Государственных реставрационных мастерских «нашли храм взорванным и представляющим груду строительного мусора». Видимо, эта акция была приурочена к Рождеству. Две фрески, снятые накануне, были взрывом разметаны. Целый месяц реставраторы собирали на руинах фрагменты росписей, точь-в-точь как после войны это происходило во взорванных фашистскими войсками храмах Новгорода.

Ночной взрыв, впервые опробованный властями в Чудовом монастыре, не раз повторится в истории московских храмов в XX столетии.

Два храма стояли рядом и имели общую кровлю, образуя единое здание с десятью куполами и шестью алтарными апсидами. Другого примера такой композиции в Москве не было.

Старая, заложенная еще св. Алексием, монастырская трапезная сгорела в 1477 году Новую кахменную трапезную с церковью Алексия Митрополита заложил в 1483 году (закончена в 1485-м) знакомый нам Геннадий. Летопись говорит об этом: «заложи чудовский архимандрит трапезу камену, а старую разруши». Даже из Новгорода он посылал серебро на достройку трапезной церкви с маленькой звонницей, которая отчетливо видна на плане Кремля 1600-х годов.