Леонид умер в заточении, вместе с ним по делу «церковников-заговорщиков 1575 года» проходил и был казнен чудовский архимандрит Евфимий. В стенах Чудова монастыря государи доверяли Богу свои сокровенные помыслы, молились об успехе своих начинаний. Великий князь Василий III молился в Чудовом о «прижитии чад», и у него родился, наконец, наследник — будущий Иван Грозный. Сам Грозный в 1563 году, перед походом на Полоцк, «у Михайлова Чюда у Архангела Михаила молеб- ная свершив». От Ивана Грозного до Федора Алексеевича все русские цари слушали в монастыре литургию. Вот, например, запись из дворцовых «дневальных записок» времен Алексея Михайловича, от 8 февраля 1657 года: «после всенощного бдения ходил государь в Чудов монастырь и жаловал архимандрита с братьею к своей царской руке». Государи крестили в Чудовом своих детей, здесь крещены, например, дети Грозного Евдокия, Федор и Иван, дочь Федора Иоанновича Феодосия, царь Алексей Михайлович, а 29 июня 1672 года — Петр I. При крещении царственных младенцев возлагали на мощи митрополита Алексия. За царские крестины чудовский архимандрит получал 80 рублей. На Святой неделе цари имели обычай посещать Чудов; последним это сделал тот же Петр в 1692 году. Возле образа св. Алексия Петр увидел золотой перстень митрополита, подаренный ему ханшей Тайдулой. На внутренней стороне кольца Петр приказал вырезать надпись «Господи, помози на враги нам и твоя сохраняя крестом люди!» — и специальным указом передал перстень в Патриаршую ризницу. Регулярные «выходы» в монастырь совершали все русские патриархи. Греческие патриархи, приезжавшие в Москву в Средние века, по обычаю просили у царя разрешения отслужить в Чудовой обители «ради получения милостыни и подарков».

Павел Алеппский, автор истории путешествия Антиохийского патриарха Макария в Россию в середине XVII века, оставил любопытное описание праздничной службы в Чудовом монастыре 12 февраля 1656 года, на которой царь Алексей Михайлович «прислал нам извещение быть готовыми присутствовать»: «Явились царь, патриарх и все вельможи, в придел святого, где почивают его мощи, внутри трапезной. Начали петь вечерню весьма протяжно.