Решение о разборке церкви принял в мае 1928 года Секретариат ВЦИК под предлогом «расширения площади кремлевского сада». Приговор выносился без приглашения реставраторов и музейных работников. Как пишет В.Ф. Козлов, исследовавший документальную историю сноса храма, последовали протесты архитекторов Центральных государственных реставрационных мастерских (ЦГРМ) и Наркомпроса. Разборка была временно приостановлена, но 13 июня 1928 года Секретариат

ВЦИК подтвердил свое решение о сносе. Реставраторы могли лишь обмерить приговоренный памятник старины. Известна акварель с его изображением работы реставратора Д.П. Сухова (1927).

Другой предлог для сноса храма выясняется из письма старого большевика В.И. Невского Сталину в защит}7 намеченных к взрыву Чудова и Вознесенского монастырей (1929): «На месте разрушенной церкви Константина и Елены в целях устройства спортивной площадки в Кремле доселе нет никакой спортивной площадки, а валяются кучи мусора».

Не спасло памятник даже письмо реставратора Н.Н. Померанцева, который пытался утихомирить советские органы, покушавшиеся на храм, неотразимым аргументом — участием В.И. Ленина в деле охраны церкви Константина и Елены в начале 1920-х годов. Согласно опубликованному В.Ф. Козловым письму Померанцева, «Владимир Ильич, гуляя осенью в Кремлевском саду под горой, обратил внимание на то, что в окне церкви Константина и Елены выбито стекло, и наступающая осенняя погода могла оказать вредное влияние на сохранность этого ценного памятника. Он тотчас же распорядился не только о вставке стекла, но через коменданта Кремля тов. Петерсона отдал распоряжение о закрытии железных ставень в окнах этой церкви».

В протоколах ЦГРМ за 1922 год и в самом деле есть записи о просьбе Ленина отремонтировать Константино-Еленинскую церковь. Подтверждает рассказ Померанцева в своих воспоминаниях И.Э. Грабарь: «Однажды Владимир Ильич дал нам такой нагоняй, от которого мы долго не могли опомниться он заметил в одной из церквей разбитое окно. Владимир Ильич тотчас же сделал выговор зав. музейным отделом, сказав, что дело охраны памятников в Кремле стоит не на должной высоте и что необходимо привлечь к строгой ответственности всех нас».