В 1812 году Спасский собор пережил разорение; в алтаре французы хранили сено, солому и овес для личных лошадей Наполеона, часть храма стала конюшней, часть — солдатской казармой. При этом в тайниках собора лежали сокровища из кремлевских храмов, спрятанные перед приходом

Наполеона — французы их не обнаружили. После возобновления, в 1817 году, он был приписан к дворцовому храму Спаса Нерукотворного и потерял статус собора, чего простые москвичи не заметили и называли Спас на Бору по-старому, собором.

В XIX веке в храме ежедневно совершалась служба кремлевским духовенством. Собор был приходским храмом для всех дворцовых служащих. 12 августа из Спасского храма направлялся крестный ход в Успенский собор. В апреле 1896 года в храме торжественно отметили 500-летие со дня кончины св. Стефана Пермского.

Почтенный собор был очень популярен среди московских невест, так как один из его престолов был посвящен Трем исповедникам — Гурию, Самону и Авиву, считавшимся покровителями невест. Ежегодно 15 ноября в день Трех исповедников, как свидетельствуют мемуаристы, «целые вереницы девиц направлялись в церковь Спаса на Бору в Кремле, и там служились молебны. Особенно усердными были те невесты, которые почему-либо уже более или менее долго ожидали появления претендента на их руку и сердце».

По свадебному поводу Спасская церковь появляется в знаменитых мемуарах А.О. Смирновой-Россет, близкой знакомой А.С. Пушкина. Вот что пишет она о свадьбе своей подруги фрейлины Анны Тютчевой, выходившей замуж за славянофила Ивана Аксакова: «Соболевский при сей верной оказии ради красного словца написал четверостишие: Иван и Анна венчаются у Спаса на Бору, древнейшей церкви в Москве. Тургенев Александр, которого спрашивали, что нового по Москве: Спаса на Бору взяли ко двору. И точно, некогда окруженный густым бором бедный Спас окружен теперь фрейлинскими покоями».

Каменная церковь 1330 (по другим данным, 1328—1329) года, как предполагал И. Забелин, сохранялась в основе собора Спаса на Бору, несмотря на все обновления и переделки храма в XIV—XVII веках. Это была четвертая по времени основа

ния каменная церковь Москвы. Известно о ней немного.