В 1825 году в храме появился придел Иоанна Милостивого; в 1867 году — новый четырехъярусный иконостас эклектического стиля. Храмовый образ на стене был украшен серебряной ризой. В 1891 — 1892 годах престол Иоанна Милостивого устроили внутри башни (отделан по проекту архитектора Н.А. Воскресенского), и она стала приделом церкви Благовещения, соединенной с нею аркой. Первоначально проект устройства придела предусматривал пробивку в башне новых окон, разборку части ее парапета и устройство новых железных наружных лестниц, но Императорская Археологическая комиссия не дала на это разрешения.

В начале XX века храм именовали иногда «Нечаянной радости», по другой чтимой иконе Богоматери, пожертвованной из царского дворца. Перед нею, по преданию, однажды помолился идущий «на дело» разбойник — и у младенца на иконе открылись кровоточащие раны; разбойник раскаялся и ушел в монастырь.

Церковь Благовещения, «домашней», не парадной архитектуры, оказалась в Кремле как бы на отшибе: в 19Ю году московские жители даже жаловались, что зимой не могут добраться до нее по не расчищенным от снега дорожкам нижнего кремлевского сада.

Описания Кремля конца XIX — начала XX века говорят о храме кратко: «покосившаяся на сторону небольшая церковка Благовещения на Житном дворе, колокольней для которой и жильем причта служит самая башня», «архитектурного интереса не представляет».

Сделаем, однако, поправку на время: храмы 1730-х годов в Москве и были редки, а теперь, после тотальных сносов, и вовсе единичны. Да и представления о ценности архитектурных памятников сто лет назад были совсем иными: например, здания классической и ампирной эпохи только- только начали осознаваться как памятники, которые нужно изучать и сохранять.

В 1926 году Благовещенская церковь числилась еще памятником архитектуры, но в 1932-м ее приговорили к сносу Снесена она в 1932—1933 годах. Уничтожен и придел с беломраморным иконостасом в Благовещенской башне. Икона «Нечаянная радость» находится ныне в храме Ильи Обыденного близ Остоженки.