Разобраны эти дворы были в 1769—1773 годах в связи с предполагавшимся строительством Кремлевского дворца В.И. Баженова, которое привело бы и к сносу храма, но не состоялось. Утратив прихожан, церковь была приписана к Вознесенскому монастырю. Было рядом с храмом и кладбище, дожившее до екатерининских времен.

В Троицкий пожар 1737 года храм Константина и Елены обгорел снаружи и внутри, но был возобновлен архитектором И. Мичуриным. В 1756 году в храме обновили интерьер: иконостас, стенопись и всю внутреннюю отделку. Ремонтом занимался известный архитектор русского барокко, князь Д.В. Ухтомский. Видимо, обновление храма происходило и в 1800-е годы, поскольку в то время вся старинная утварь и иконы Константино-Еленинской церкви были куплены у дворцового ведомства куицом-старообрядцем И. Ковылиным, основателем Преображенского кладбища в Москве, которое он неустанно украшал древними раритетами.

В 1812 году, после наполеоновского пожара Москвы, в подвалах церкви нашли пристанище десятки горожан, потерявших крышу над головой. Храм был разорен ив 1817 году приговорен духовными властями к сломке по ветхости. Бес- приходная церковь не имела средств к восстановлению. Однако ломать храм не стали, так как светские городские власти собирались просить у императора средства на восстановление приписных церквей. Четверть века храм бездействовал, но в конце концов император Николай I распорядился возобновить его. После ремонта храм был освящен в сентябре 1837 года митрополитом Филаретом. На рисунках середины XIX    века к востоку от храма видна небольшая часовенка. В 1874—1892 годах настоятелем храма Константина и Елены был известный проповедник и духовный учитель того времени о. Валентин Амфитеатров, которого народ называл «московским утешителем». С XVIII века до самого 1917 года церковь Константина и Елены была ружной, т.е. получала содержание из государственной казны.

Изображения храма вошли во многие известные панорамы Кремля и Замоскворечья, например, II. Пикарта (1707— 1708), М. Махаева (1763), О. Кадоля (1830-е гг.), Ж. Акари Барона (1845—1846), Д. Индейцева (1850).