В 1812 году, перед приходом французов, «когда неприятель был уже на стенах высот кремлевских», настоятель монастыря Константин зарыл часть монастырских сокровищ, которые не успели вывезти в Вологду, в землю. Французы клад не нашли. В монастыре размещались штаб наполеоновской армии и полки гвардии. Обитель при этом была нещадно ограблена, архивные дела епархии выбросили в ров у кремлевской стены. В главном храме наполеоновский маршал Даву принимал посетителей и подписывал бумаги, а в алтаре устроил себе спальню. Известна картина В.В. Верещагина «Маршал Даву в Чудовом монастыре». Мощи св. Алексия французы выбросили из раки, они найдены были потом в углу церкви. После французского разорения обитель возобновили в 1814 году.

Во время Крымской войны Чудов монастырь и Троице- Сергиева лавра пожертвовали 50 тысяч рублей «на потребности православных воинов».

До построения храма Христа Спасителя в Москве не было кафедрального собора епархии. Роль митрополичьей московской кафедры играл Чудов монастырь, почему и имел статус кафедрального. В конце XIX века здесь нашел пристанище духовный цензурный комитет.

В 1870 году в Чудовом монастыре было устроено специальное помещение для 45 древних икон из Синодального архива. Это был фактически первый московский музей иконы. Постепенно его коллекция возросла до 300 икон; на основе ее в 1913 году в стенах Чудова монастыря состоялась Романовская выставка памятников церковной старины к 300-летию династии Романовых.

В начале XX века в монастыре было 4 храма с семью престолами. Монастырь по-прежнему входил в небольшую (не более 15) группу самых богатых русских обителей с капиталом свыше 100 тысяч рублей: по архивным данным за 1897 год, его основной капитал составлял 498 тысяч рублей. Монастырь был уже не общежительным. Во главе обители стоял наместник-архимандрит, братии было 49 человек. Путеводители тех времен отмечают просфоры, «приготовлением которых он славен». 8 августа и 4 октября из Чудова направлялись крестные ходы в Успенский собор.