Его стерегли 50 стрельцов, его морили голодом и жаждой, но патриарх отказался присягать польскому королю Сигизмунду и передал из тюрьмы послание нижегородскому ополчению, готовившему поход на Москву.

В 1б50-е годы, когда царь Алексей Михайлович уехал на войну с Польшей, патриарх Никон управлял государством из Чудова монастыря. Из него Никон перенес мощи патриарха Гермогена в Успенский собор Кремля. В Чудовом монастыре Никон провел церковный собор но исправлению богослужебных книг, что послужило причиной раскола в русской церкви. Чудовским архидьяконом был известный помощник Никона Арсений Суханов, посланный им в Иерусалим и Грецию на поиски старинных церковных книг, по которым затем исправлялись русские. Неделю в посте, молитвах и размышлениях провел вскоре в Чудовом протопоп Казанского собора на Красной площади Иван Неронов, после чего подал царю челобитную против никоновских нововведений.

Здесь же и закончилась карьера Никона: в 1666 году в Чудо- вом монастыре происходил над ним известный суд вселенских патриархов, закончившийся его низложением. На следующий день Никона увезли из Чудова монастыря в ссылку. Чудовский архимандрит Павел приезжал позднее к ссыльному Никону и в Ферапонтов монастырь — допрашивать его по тремстам статьям новых обвинений.

А в 1671 году в Чудовом патриарх Питирим, митрополит Крутицкий Павел и «иныи власти» допрашивали двух несгибаемых противниц никоновской реформы — боярыню Феодосию Морозову и княгиню Евдокию Урусову. «Много на Москве попов, да истинного нет», — заявила патриарху Морозова. Момент, когда боярыню везут на допрос мимо Чудова монастыря, и запечатлел в известной картине В.И. Суриков. Морозову привозили в Чудов еще раз — чтобы Питирим помазал ее миром. Но боярыня сопротивлялась и осыпала патриарха проклятиями. После этого увещевания закончились, и на следующую ночь боярыню Морозову уже пытали. Ранее, в 1664 году, чудовский архимандрит Иоаким (впоследствии патриарх) и допрашивал Морозову в монастыре, и ходил к ней домой увещевать и «испытывать» ее.