А ценности в 1922 году вынесли новые хозяева: в ходе кампании по изъятию церковных ценностей из монастыря было реквизировано 57 пудов серебряной утвари, причем комиссия по изъятию вынула из иконостаса Алексеевской церкви серебряные царские врата работы М.Д. Быковского, несмотря на протесты реставраторов и свои же обещания оставить врата в покое. Заметим, что впервые вопрос о вывозе ризницы из Чудова монастыря обсуждался новыми властями уже в феврале 1918 года. Позднее, в 1930-е годы, когда коммунистическое правительство начало масштабную всемирную распродажу русских исторических и художественных ценностей, некоторые иконы «из фондов» Чудова монастыря пополнили коллекцию американского посла в Москве Д. Дэвиса.

После закрытия монастыря многие чудовские иноки и «чада духовные» нашли приют в храме Николы в Кленниках на Маросейке, у о. Алексия Мечева. Там, как они вспоминали, постепенно наладилась уставная служба, как в монастыре. «У нас теперь тоже Чудов монастырь», — говорил, улыбаясь, батюшка. Архимандрит Амвросий (Астахов) поселился в Казанско-Головинском монастыре, служил в ховринском храме.

Одним из ближайших помощников патриарха Тихона в те годы был иеромонах Чудова монастыря Анемподист Телегин. Его арестовали в 1922 году и расстреляли за противодействие реквизиции церковных ценностей из храма патриаршего подворья. Вот фрагмент его допроса на суде: «Это вы оскорбили комиссию? — Да, я назвал членов ее грабителями и насильниками. Я служитель престола, и мне тяжело, когда отбирают священные предметы».

В начале 1920-х годов, как сообщает историк В.Ф. Козлов, реставраторы с трудом отбили попытку Пулеметных курсов устроить клуб под алтарем Алексеевской церкви; позднее туда все-таки вселили библиотеку-читальню. В октябре 1923

года кремлевская комендатура объявила о плане вселить в Чудов монастырь все лечебные учреждения Кремля, при этом архитектор Иванов-Шиц уже предлагал переделывать своды и сносить лестницы. В 1925 году разрушили мраморный иконостас в усыпальнице Сергея Александровича, в ней была устроена мастерская. В кельях пробивали новые окна для лудильной мастерской. В середине 1927 года кремлевская комендатура повелела уничтожить монастырский некрополь.