После сноса церкви скульптуры, как и прочие ценности монастыря, были сложены в одном из кремлевских подвалов, и разбирать их стали только в 1940 году Статуя попала в руки работников Третьяковской галереи, посчитавших древней только верхнюю ее часть. Прочие части — конь, змей и нижняя половина фигуры св. Георгия — были отсечены и в виде 29 отдельных кусков хранятся в кремлевских запасниках; верхняя часть горельефа — в Третьяковской галерее.

Церковь Михаила Малеина разобрана в 1930 году.

На плане 1600-х годов показана старая одноглавая кубическая церковь. Это храм Афанасия и Кирилла, построенный в 1514—1517 годах на месте одноименного деревянного храма XIV века — посвящение отмечало день свадьбы Дмитрия Донского и Евдокии Дмитриевны. В 1686 году над воротами монастыря выстроили новый Екатерининский храм; в присутствии царя Ивана Алексеевича и царевны Софьи 24 ноября, в день тезоименитства их сестры царевны Екатерины Алексеевны, его освятил патриарх Иоаким. Одновременное освящение новых храмов в соседних Чудовом и Вознесенском монастырях, вероятно, было реализацией общего замысла обновления придворных монастырей.

Эту старинную церковь в 1803 году было решено «яко закрывающую при въезде великолепие всего Кремля. удалить». Закладка дожившей до XX века Екатерининской церкви (на месте старинных разобранных церквей Екатерины, Афанасия и Кирилла, Гавриила, Казанской Богоматери) состоялась 4 июля 1809 года. До 1812 года ее строил известный архитектор Карл Росси, работавший тогда в «Кремлевской Экспедиции». Это было единственное дожившее до XX века произведение Росси в Москве. Первоначально митрополит Платон утвердил проект А.Н. Бакарева, но император настоял на кандидатуре Росси; Бакарев, однако, заканчивал строительство в 1817 году, употребляя в дело материал, получаемый от разборки древнего храма Николы Гостунского на Ивановской площади.

Церковь Екатерины, выходившая на Царскую площадь Кремля, была выдержана в романтическом «готическом» стиле, считавшемся родственным древнерусскому зодчеству. В те же годы в том же стиле были оформлены верх Никольской башни Кремля и фасад Синодальной типографии на Никольской улице — центру Москвы придавали «новый древний» облик после наполеоновского погрома.