Искусствовед А.М. Эфрос свидетельствовал в журнале «Аполлон»: «Сильнее всего разворочен Чудов монастырь. Его стены, окна, крыльцо представляли сплошную рану». Свидегельство Джона Рида: «В Чудов монастырь попало до 30 снарядов».

Летом 1918 года начались реставрационные работы. Новое коммунистическое начальство поначалу обходилось с монахами доброжелательно, богомольцев в Кремль впускали по пропускам. В митрополичьих покоях жили летом 1918 года иерархи, съехавшиеся на Поместный собор, здесь жил и старец Зосима, который должен был вынуть жребий с именем будущего патриарха. Однако в Кремле, ставшем режимным объектом после переезда Советского правительства в Москву, действующий монастырь казался новой власти неуместным. Особенно «сновавшие по Кремлю» монахи раздражали коменданта Кремля тех лет Павла Малькова: он пошел к Свердлову и потребовал их выселить: «Пока монахов из Кремля не уберут, я ни за что поручиться не могу». Доложили Ленину, и тот, как пишет Мальков в воспоминаниях, ответил: «Я не против. Давайте выселяйте. Только вежливо, без грубости!» Выселение чудовских монахов в Новоспасский монастырь происходило одновременно с обыском: в кремлевских воротах Мальков выставил наряд латышских стрелков, чтобы монахи не унесли ничего ценного из своего монастыря.

«Вежливость» Ленина по отношению к монахам — вероятно, «заслуга» советских редакторов. Во всяком случае, в марте 1919 года, когда православное братство св. Алексия обратилось к властям с просьбой передать ему мощи митрополита, Ленин написал записку наркому юстиции ДИ. Курскому: «Прошу не разрешать вывоза, а назначить вскрытие при свидетелях». Курский дал распоряжение о вскрытии мощей при участии представителей Моссовета, наркомата юстиции и НКВД.

Комендант же Мальков отличался и некоей любознательностью — возможно, должность обязывала. Из дневника архитектора НД Виноградова, 21 октября 1918 года: «Ходил в Кремль, где с Мальковым копались в подземельях Чудова монастыря. Ему сказали, что из них есть подземный ход куда- то. он нашел замурованную дверь. Копались долго и обнаружили помещение без сводов».