В начале XVII века придел Михаила Малеина существовал при Вознесенском соборе. Деревянный храм во имя этого святого упоминаегся в 1618 году. Это был «государев ангел», соименный царю Михаилу Федоровичу, и царь всегда молился в этом приделе в день своего ангела. Каменный храм, вплотную примыкавший к

кремлевской стене, построил в 1634 году зодчий Важен Огурцов, один из авторов кремлевского Теремного дворца — «в память дня тезоименитства» царя. Известно и имя второго мастера — Семейко Белой. Придел Феодора Пергийского соответствовал светскому имени отца царя, патриарха Филарета. Храм этот построила Великая инокиня царица Марфа Иоанновна, посвятив его престолы ангелам мужа и сына. Церковь сильно пострадала в по

жаре 1737 года, после чего архитектор И. Мичурин исправлял в ней своды. Перестраивалась она также в 1757, 1823, 1891 годах. В 1823 году к храму была пристроена богадельня. Росписи внутри церкви относились к 1891 году.

Церковь Михаила Малеина превосходно изображена на акварели Ф. Алексеева «Вид в Кремле у Спасских ворот» (1800-е гг.) К высокому стройному зданию храма с проездной аркой в первом ярусе симметрично примыкают с боков двухэтажные объемы алтаря и трапезной. Отчетливо видны декоративные детали «нарышкинского» стиля, что свидетельствует о переделке храма в последней трети XVII столетия. Очень интересно завершение стен небольшими закомарами, напоминающими детали памятников конца XVI века. На фотографиях 1910-х годов видна выглядывающая из-за кремлевской стены верхняя часть церкви. Это одноглавый трехэтажный «четверик» с тонким барабаном. Рядом с ним — верх изящной восьмигранной колокольни и высокая трапезная. Колокольня XVII века также пострадала в пожар 1737 года; верх ее исправлялся архитектором Мичуриным. Среди колоколов были отлитые в 1555-м и 1698 годах.

С 1808 года в специальной нише в храме хранился знаменитый горельеф Георгия Победоносца, изваянный еще в XV веке В. Ермолиным, некогда стоявший на Спасской башне. В 1918—1920 годах в церкви была устроена выставка древнерусской скульптуры и декоративной резьбы.