Алексеевская церковь XV века — едва ли не первый на Руси опыт жанра трапезной палаты с церковью — более ранние трапезные, в том числе и чудовская, храмов не имели. Близ первой чудовской трапезной и до Геннадия была церковь Алексия Митрополита, но житие св. Алексия сообщает, что ее построили «по претечении лет». В Алексеевскую церковь были перенесены мощи канонизированного к тому времени основателя монастыря. Несколько раз храм горел и перестраивался. В 1680—1686 годах его заменила новая Алексеевская церковь, построенная, как и смежная Благовещенская, на средства и по проекту царя Федора Алексеевича — «по его Государскому чертежу и указной мере», как гласила надпись на доске при входе в храм. Это, видимо, первый случай в русской истории, когда царь выступил в роли архитектора. По словам историка В.Н. Татищева, Федор Алексеевич «великую охоту к строению имел». С XVII века церковь считалась главным монастырским собором.

Внутри Алексеевская церковь была расписана во времена Елизаветы «грациозной легкой живописью», по словам путе-

водителя 1913 года. Иконостас (1839 г.) в ней был бронзовый, с серебряными царскими вратами. В алтаре храма находилась икона св. Алексия, согласно описанию середины XIX века, «написанная на верхней доске гроба его; она изъязвлена ножом, в 1682 году, от еретика Фомы Иванова, заразившегося Кальвинскою ересью». Фома Иванов, цирюльник, фигурант «дела еретиков» во главе с Дмитрием Тверитиновым 1713—1714 годов, содержался в Чудовом монастыре под стражей; в цепях его водили на церковные службы. 5 октября 1714 года он, сумев где-то раздобыть нож, тайком пронес его в храм. Иконоборца 29 ноября 1714 года сожгли на Красной площади; это была последняя в России смертная казнь «еретика».

В Алексеевской церкви крестили царей Федора Иоанновича, Алексея Михайловича, Петра I. 18 апреля 1818 года здесь крестили наследника Александра Николаевича, будущего императора Александра II. В XIX веке в храме хранились трофеи русско-персидской войны 1826 года: победу над персами Николай I праздновал именно в Чудовом монастыре и в церкви велел поставить шахские знамена и повесить ключи от взятых персидских городов.