Море не оставалось неизменным в своих границах: под влиянием, как говорят геологи, «вековых колебаний» суши границы его изменялись. В связи с опусканием суши громадные области заливались водой. Границы моря -расширялись, оно занимало колоссальную площадь. Под влиянием противоположного процесса — поднятия — места, занятые морями, обнажились. Дно моря становилось сушей, и по прошествии десятков или сотен миллионов лет суша могла быть снова залита водой.

К концу девонского периода море стало сокращаться в своих границах, мелеть и от него начали отделяться заливы и озера.

В начале следующего — каменноугольного — периода море несколько отступило от Москвы на восток. Теплый и влажный климат способствовал развитию богатейшей растительности в виде гигантских древовидных папоротников, хвощей и плаунов. От перегнишиия без доступа воздуха под толшей наносов из этих растительных остатков образовались бурые угли. Под Москвой они лежат на глубине 300 м.

Заггем море опять захватило огромные пространству. Его береговая линия отодвинулась далеко па запад, в Западную область, а на востоке волны омывали острова, подымавшиеся в то время на месте Уральских гор. Москва опять лежала среди открытого моря. На дне моря отлагалась масса раковин, послуживших материалом для образования известняков — основной породы каменноугольной системы под Москвой.

К концу каменноугольного периода вследствие медленного поднятия земной коры море стало сокращаться в своих размерах. Дно его стало сушей, и территория современной Москвы в течение двух периодов составляла часть материка. Но от того времени здесь не осталось следов, и только по слоям, залегающим в Ивановском и Горьковском краях, мы знаем, что это было время сухого и жаркого климата с многочисленными солеными озерами и редкими реками, около которых жили огромные, покрытые плотными панцирями земноводные,. сходные с современными саламандрами.

При новом медленном опускании земной коры во второй половине юрского периода море снова покрывает территорию Москвы.