В 1679году, согласно монастырской описи, в нем были четыре каменные церкви, каменные Святые и Задние ворота в деревянной ограде, каменные и деревянные кельи и службы.

Основными вкладчиками монастыря в XVI—XVII веках были касимовские татарские князья-царевичи на русской службе и их родственники. На их деньги и шло каменное строительство. В середине XVII века игуменом Златоустовского монастыря был Феоктист, деятель раннего старообрядчества, адресат одного из посланий протопопа Аввакума. В 1666 году Феоктист скрывался в Вятке, был арестован, привезен в Москву и принес покаяние за сопротивление никоновским нововведениям.

В 1634 году монастырь по царскому указу снарядил на войну с поляками под Смоленск 1 (одного) ратника (для сравнения — Троице-Сергиев монастырь выставил 406 человек, московский Новоспасский — 50). Это неудивительно: Златоустовская обитель никогда не относилась к числу богатых: по переписи 1678 года за ней числилось всего 122 крестьянских двора, в 17б4году— 556 крепостных душ; доходов со своих владений в начале XVIII века монастырь получал 101 рубль 10 копеек в год. Среди владений монастыря известно село Вла- дычня Выхинской волости, давно вошедшее в черту Москвы.

В иерархических списках, относящихся к придворным церемониям XVII века, Златоустовские игумены упоминаются в самом конце. Однако они участвовали в самых важных церемониях: например, при венчании великих государей Петра и Иоанна на царство в 1682 году Златоустовский настоятель вместе с тремя коллегами нес царскую державу. Известен и царский «выезд» в Златоустовский монастырь на богомолье в Великий пост в 1678 году.

В конце XVII века документально известны существовавшие на территории монастыря «на пропитание братии, на овощ огородцы». В это время деревянные отдельные срубы- кельи заменяются каменными корпусами. На освободившемся месте появляется монастырский некрополь — кладбище.

На монастырском кладбище, помимо касимовских царевичей, в разное время хоронили представителей видных дворянских родов: Румянцевых, Апраксиных, Барятинских, Стрешневых,Урусовых. В историческихдокументах 1682 года упоминается, например, как «апреля в 25 день святейший патриарх ходил в Злотоустов монастырь на отпевание тела боярина Василия Борисовича Шереметева».