Однако приходская церковь собственно села Преображенского достоверно известна с XVIII века. Историки цитируют еще указания источников на строительство каменного храма в Преображенском в 1680-егоды, но, скорее всего, они относятся к церквам Преображенских загородных царских дворцов на берегах реки Яузы. Историк А.В. Бугров в своей книге о Преображенском цитирует документы о строительстве в 1688 году каменной церкви в Преображенской слободе «потешных», но, видимо, она либо не была достроена, либо сгорела — более поздние источники вновь говорят о деревянном храме в Преображенском.

На месте нынешней Преображенской площади был плац для учений и смотров «потешных» Преображенского и Семеновского полков. Церковь Преображения стала полковым храмом Преображенского полка и тем самым вошла в историю русской гвардии.

Согласно историческим изысканиям последних лет, деревянная церковь Петра и Павла в солдатской Преображенской слободе упоминается в 1722—1727 годах. В 1741 году она «за ветхостью» была «сломана и покладена в костры». В 1743 г. освящен полотняный Петропавловский алтарь в съезжей избе Преображенской слободы.

По некоторым данным, в 1743 году в селе существовала деревянная церковь Петра и Павла. Скорее всего, она была устроена жителями солдатской слободы Преображенского полка — на это, по мнению историков, указывает ее посвящение небесному покровителю императора Петра I. Главный престол Преображения, давший храму имя, под которым он стал

наиболее известен, освящен в 1750 году. Вероятно, это был заключительный этап устроения в Преображенском деревянного храма, начало которому положил сержант Преображенского полка Иван Елисеевич Третьяков, который в 1747 году купил в соседнем селе Семеновском здание старой деревянной церкви и перенес ее в Преображенское; там ее освятили еще во имя Петра и Павла, поместив в ней антиминс из прежней полотняной церкви, что ясно говорит о преемственности этих храмов. По иронии судьбы дата освящения пришлась на 19 июля 1747 года — почти точное совпадение с датой взрыва храма 217 лет спустя, в 1964 году.

Стоит обратить внимание на то, что храм Преображения сооружается в царствование императрицы Елизаветы, по велению которой в 1740-е годы сооружается и церковь Преображения в Преображенском полку в Петербурге — в память о ключевой роли, которую сыграл гвардейский полк в приходе Елизаветы к власти.