В 1780 году храм пострадал от удара молнии, но был восстановлен. Между 1838 и 1849 годами церковь Иоасафа Царевича реставрировал строивший тогда в Измайлове Инвалидный дом Константин Тон, отвлекаясь от забот о возведении храма Христа Спасителя. В начале XX века церковь обновлялась архитектором С.К Родионовым.

После 1917 года военная богадельня прекратила существование. Официально, как пишет историк Измайлова А Кузнецов, ее никто не закрывал. Просто новая власть упразднила Капитул российских военных орденов и Александровский комитет о раненых, и средства на содержание богадельни перестали поступать. Ее здания переоборудовали под жилые квартиры «рабочего поселка имени Баумана». Ветераны войн исчезнувшей империи разбрелись кто куда. Одни уехали в родные места, другие осели в селе Измайлове, третьи стали нищенствовать.

Могла ли церковь Иоасафа, стоявшая на уединенном острове, помешать реконструкции Москвы — вопрос риторический. Каким светлым целям послужил ее снос — еще одна «загадка советской души». После революции храм был закрыт. Решение снести его датируется 1930 годом. Об этом намерении властей реставраторам и органам охраны памятников стало известно в 1931 году: протесты были безуспешными. Храм разобрали в 1932 (по другим данным — в 1936—1937) году — под предлогом ветхости. Перед разборкой церковь была обмерена, чертежи сохранились. Место ее ничем не занято.

А ведь второй такой не было. И не будет — это уж само собою разумеется.

Даже если сбудутся чаяния реставраторов, еще в 1978 году приступивших к разработке проекта воссоздания церкви Иоасафа (автор проекта Ю.С. Вылегжанин). В июле 2006 года префект Восточного округа Москвы Н. Евтихиев (тот самый, что противится воссозданию храма на Преображенской площади) заявил, что в ходе создания историко-ландшафтного комплекса царской усадьбы в Измайлове будет «в ближайшее время» воссоздана не только церковь Иоасафа Царевича, но и арочный мост, конный двор, кузница, пивоварня, мельница и т.п.

В Лефортове, на Госпитальном Валу, располагалось в старой Москве летнее отделение старейшего в России Военного госпиталя, главное здание которого и ныне украшает набережную Яузы.