В 1737 году Златоустовский монастырь вновь пострадал от пожара, и его отстраивал известный зодчий тех времен, автор «генплана» Москвы 1739 года Иван Мичурин.

После екатерининской церковной реформы 17б4 года монастырь был отнесен к обителям 3-го класса; ему было определено от казны денежное содержание в 806 рублей, увеличенное при Павле! до 1460 рублей. Монашествующих по штату было положено 12 человек. Архимандрит Златоустовского монастыря екатерининских времен Павел был по совместительству ректором Славяно-греко-латинской академии.

В 1784—1786 годах здания монастыря ремонтировались под наблюдением архитектора С.А. Карина, строителя Старого Гостиного двора на Ильинке.

В 1812 году монасгырь не горел; его архивы и ризница, где хранились, например, серебряный крест и золотой сосуд (вклады царицы Марфы Матвеевны), ризы с вышитыми надписями (вклады касимовских царевичей) были заблаговременно вывезены вместе с прочими московскими церковными сокровищами Златоустовским архимандритом Лаврентием в Вологду, откуда вернулись лишь в следующем году. Французы

ограбили все, что осталось: с икон содрали даже медные оклады, а Троицкую церковь превратили в конюшню.

Монастырь был восстановлен к 1816 году, но вскоре его постигло стихийное бедствие: потоп 1821 года, когда вследствие сильных дождей переполнились подземные ключи и пруды по соседству Вновь обитель привели в порядок к 1824 году

В 1816—1819 годах, до своей кончины, архимандритом Златоустовского монастыря был Досифей, происходивший из рода Голенищевых-Кутузовых, человек весьма интересной — военной — биографии. С молодости он чувствовал склонность к монашескому житию, но, как вспоминает в легендарных «Рассказах бабушки» Е.П. Янькова, «по домашним обстоятельствам должен был вступить в службу, которую начал очень рано, в первые годы царствования императрицы Екатерины II; бывал не раз в сражениях и, дослужившись до капитана, вышел в отставку с майорским чином, имея от роду около 40 лет, и в скором после того времени решился исполнить давнее свое желание — идти в монахи».

С 1848 года, когда у чудотворной иконы Знамения, стоявшей на паперти Троицкого храма, исцелился холерный больной, монастырь стал популярен среди паломников и разбогател. Описания конца XIX века рисуют внутри обители маленький рай в шаге от шумных городских улиц: тенистый сад, пруд, беседка.