По первоначальному замыслу, храм должен был быть посвящен памяти павших в Цусимском сражении; но постепенно он стал общим мемориалом всех погибших на Русско-японской войне.

В стены церкви были вделаны бронзовые доски с именами погибших моряков. Двенадцать тысяч имен, от адмирала С.О. Макарова до последнего матроса. Над каждой доской висела судовая икона с лампадой или ее копия, рядом были написаны имя корабля, место и дата сражения, в котором он принимал участие. «Варяг», «Светлана», «Россия», «Дмитрий Донской», «Рюрик», «Стерегущий», «Грозный», «Выносливый», «Петропавловск», «Пересвет», «Полтава», «Адмирал Ушаков», «Князь Суворов». Памятные доски превращали храм в символическую усыпальницу погибших моряков. Таким же образом в храме была увековечена память и воинов сухопутных частей, сражавшихся на японской войне. В храме хранилось знамя Квантунского флотского экипажа, спасенное из осажденного Порт-Артура.

Только поэтические строки сохранили впечатление от этого скорбного и одновременно возвышенного мемориала:

Янтарный сумрак, тишина,

Скрижали вдоль колонн,

А на скрижалях — имена.

Ряды, ряды имен.

Интерьер нижнего храма украшали росписи художника М.М. Адамовича на сюжеты жития св. Николая и евангельских сцен. Строитель храма инженер Смирнов пожертвовал для его иконостаса царские врата XVI века, древний складень и старинные иконы.

Крытая галерея соединяла храм со специально выстроенным зданием музея, где были собраны фотографии почти всех погибших воинов, документальные свидетельства об их подвигах и основных событиях Русско-японской войны. Со временем храм Христа Спасителя на Водах стал осознаваться как главный военно-морской мемориал России, в нем стали отмечать подвиги моряков, погибших на Первой мировой войне. После гибели фрегата «Паллада» со всем экипажем во

время морских сражений 1914—1915 годов в храме установили мраморную доску, посвященную их памяти.

В 1913 году при храме открылось православное братство.

Но после революции и оно не смогло уберечь мемориал погибших русских моряков от разрушения. Память о героях «царского флота» для новой власти отнюдь не была священной.