Под давлением властей митрополит Николай в июне I960 года оставил пост председателя Отдела Внешних Церковных сношений Патриархии, ему предложили перейти на провинциальную кафедру. После отказа митрополита отправили на покой. Он скончался в декабре 1961 года. А. Рогов вспоминает: перед смертью митрополит просил через председателя Совета по делам РПЦ Куроедова, чтобы к нему допустили священника для исповеди и причащения — «Куроедов связался с Хрущевым, тот категорически отказал».

В свете этих фактов версия о личной неприязни Н.С. Хрущева к митрополиту Николаю кажется вполне правдоподобной. Владыка скончался, но живы были Преображенский храм и приход, помнивший его проповеди. И тут, как по заказу, на сцене появляются Метрострой и Мосгорисполком.

Историк православной Москвы XX века А. Козаржевский прямо указывает, что церковь снесли по указанию Хрущева. Один из видных современных архивистов говорил автору: «Снос — личное указание Хрущева. Митрополит Николай — его личный враг. Но по документам это, увы, не проходит». Владыка Николай и его храм фактически оказались в эпицентре политического конфликта. И не уцелели.

После взрыва преображенцам не предоставили другой храм, как просил Патриарх, а заставили их делить с другой общиной церковь Воскресения в Сокольниках, куда были перевезены святыни и имущество Преображенской церкви. Но уже весной 1965 года община Преображенской церкви была «снята с регистрации» властями.

В 1999 году в Москве вновь была зарегистрирована община Преображенской церкви, которая добивается ее воссоздания; идея эта тесно связана с именем архитектора И.К Русакомского.

Патриарх Алексий II в 2000 году поддержал ходатайство о восстановлении храма в письме к мэру Москвы Юрию Лужкову. Москомархитектура «принципиально не возражает против воссоздания храма на историческом месте». Не против — при соблюдении ряда технических условий — и метрополитен; ради храма внесены даже коррективы в проект транспортной развязки на площади. Давно готов эскизный проект воссоздания храма. Каждый год 19 августа у памятного креста на площади служат молебен, говорят речи, проводятся воинские парады.