В начале XIX века храм хотя и получал от государства «ругу», т.е. определенную ежегодную сумму на его содержание, как свидетельствует историк Преображенского XIX столетия А. Сорокин, отличался крайней бедностью, чему причиной была малочисленность прихожан: к тому времени подавляющее большинство населения Преображенского составляли старообрядцы.

Около 1830 года стараниями Преображенского купца М.Ф. Котова, избранного церковным старостой, храм начал благоустраиваться. Храмовая икона Преображен™ Господня была пожертвована в церковь лейб-гвардии Преображенским полком во время пребывания полка в Преображенском 6 августа 1856 года, в день полкового праздника, совпадавшего с престольным праздником храма.

В этот день купцы Котовы устроили торжественный банкет для 3600 преображенцев-гвардейцев в своей усадьбе по соседству, с участием московского генерал-губернатора А.А. Закревского.

23 мая 1883 года храм посетили император Александр III, императрица Мария Федоровна и наследник престола, впоследствии последний русский император Николай Александ

рович, бывшие в Преображенском на торжествах по случаю 200-летия Преображенского полка. Эти события дали импульс к дальнейшему украшению и переустройству храма. В память о них в 1884—1886 годах на средства Ф.И. Котова был сооружен второй придел во имя св. Александра Невского (освящен 19 октября 1886 года). В том же 1886 году был перестроен и 19 октября заново освящен старинный Петропавловский придел в трапезной.

В 1892 году вблизи церкви открылось народное церковноприходское училище, созданное на средства местного фабриканта Котова. Оно располагалось в соседнем доме № 9 по Преображенской площади.

Преображенская церковь обновлялась и вновь освящалась также в 1896 и 1902 гг. Последнее обновление, вероятно, было связано с торжественной церемонией в связи с юбилеем Петра Великого — по сообщениям тогдашних московских газет, «30 мая, в годовщину рождения Императора Петра I в храме св. Петра и Павла, что в Преображенском, бывшей полковой церкви лейб-гвардии Преображенского полка, сформированного императором Петром I, была совершена панихида по Великом Царе-Преобразователе».