В начале XIX века башня снова пришла в ветхость, отчего в 1806 году было решено даже закрыть под нею проезд. К серьезному ремонту башни приступили только в 1813— 1820-х годах, после наполеоновского нашествия.

Наполеон, согласно мемуаристам, во время пребывания в Москве несколько раз поднимался на Сухареву башню и пристально глядел с нее на север, на Троицкую дорогу. Французам от Москвы было рукой подать до Троице-Сергиевой лавры с ее сокровищами, но лавру они не заняли. Один европейский журналист середины XIX века приводит в своем репортаже из Москвы предание, заставляющее вспомнить о древнерусских описаниях святого покровительства «богоспасаемому граду Москве»: якобы Наполеон, забираясь на башню, каждый раз видел многочисленное воинство, стоявшее на Троицкой дороге и преграждавшее ему путь.

С 1806 по 1859 год Сухарева башня принадлежала Адмирал- тейств-коллегии; после выезда навигацкой школы в ней открылись подготовительные «цифирные» классы, просуществовавшие до 1802 года. Размещались в ней и присутствие Адмиралтейской конторы, и магазин сукон и флотской амуниции, и казнохранилище, и склады провианта и адмиралтейских запасов, и даже помещение для «колодников».

Забавный эпизод, приведенный в одной из книг В.Б. Муравьева, произошел в Сухаревой башне в 1825 году, в конце короткого «междуцарствия» от Александра I до Николая I. 17 декабря в Москве распространился слух о восшествии Николая на престол, хотя официального извещения из Петербурга об этом не поступало. А ведь Москва успела уже присягнуть до этого Константину, не зная, что тот давно отказался от престола! Манифест о присяге новому императору рассылали по стране различные столичные ведомства, и вышло так, что курьер Адмиралтейства домчался до Москвы ранее других. В Сухаревой башне он вручил начальнику московской конторы Адмиралтейства манифест, который требовал немедленного приведения к присяге всех служащих. Несмотря на ночное время, послали за священником ближайшего приходского храма Троицы в Листах. Тот поехал к московскому митрополиту Филарету за разрешением на совершение присяги. Разбуженный митрополит потребовал от священника показать ему подлиный манифест; священник отправился обратно, а Филарет послал записку к генерал-губернатору Д.В. Голицыну с вопросом, как поступить.