В декабре 1919 года храм перевели в разряд приходских, а через пять лет его закрыли. Затем он вновь был ненадолго открыт, но 2 декабря 1931 года городские власти вновь приняли постановление о закрытии. Верующие Ленинграда собрали несколько тысяч подписей в защиту мемориального храма, но в начале 1932 года его все-таки закрывают.

Через некоторое время храм Христа Спасителя на Водах был взорван по решению Ленсовета — вслед за московским храмом Христа Спасителя. Протесты историков, архитекторов, моряков власть не остановили. Предметы внутреннего убранства расхитили или уничтожили. Берег канала и Невы в этом месте после взрыва был усыпан сплошным ковром из битой смальты; ленинградцы приходили взять на память «священный камушек». Доски с именами погибших моряков были выброшены на дно Невы и Ново-Адмиралтейского канала. Река здесь неглубока; согласно воспоминаниям современников, в течение нескольких лет после взрыва из-под воды виднелись куски камня со следами мозаик, в солнечных лучах отсвечивавших золотым блеском. После войны русло углубили и почистили.

Чудом кажется сегодня то, что сохранились некоторые реликвии из взорванного храма. Предприимчивая советская власть пустила некоторые его ценности на продажу за границу, через Тортсин (система «Торговли с иностранцами»). Сын адмирала Макарова Вадим купил в Нью-Йорке, в антикварном магазине, Евангелие, некогда бывшее вкладом в храм Гвардейского флотского экипажа — на обложке его был список имен погибших моряков. В ленинградском Торгсине американская гражданка Спрекельс купила золотой напрестольный крест, работы фирмы Фаберже. На обратной стороне креста была надпись: «Дар лейтенанта Козьмы Солдатенкова в память о дорогих товарищах, погибших в Цусимском бою на крейсере «Олег». Американка разыскала бывшего флотского офицера Солдатенкова в Париже и вернула ему крест; сегодня он принадлежит живущему во Франции его внуку Николаю, священнику, ставшему одним из инициаторов восстановления храма, на месте которого ныне стоит промышленный корпус Адмиралтейского завода.