Однако со временем стало понятно, что в русской архитектуре времен Мичурина (в том числе и его усилиями) исподволь разрабатывались новые приемы, готовилась почва для будущих взлетов и озарений отечественных зодчих. «Изящные восьмерики с выступающими волютами на углах, хрупкие, тонкие шеи, на которых возвышаются луковичные главки с крестами, характерны для мичуринских церквей (например, надвратная церковь Захария и Елизаветы в Златоустинском монастыре)», — пишет авторитетный исследователь русской архитектуры XVIII столетия А.И. Михайлов. «История русского искусства» замечает: «Мичурин искал приемы наилучшей обработки пилястрами стен четверика и граней нижнего и верхнего восьмериков. Именно эти приемы получили применение и дальнейшее развитие в таких его постройках, как церкви Троицы на Арбате и Захария и Елизаветы Златоустовского монастыря».

Колокольня Златоустовского монастыря была возведена к востоку от главного собора в 1712—1714 годах; перестроена в 1746—1747 годах по проекту архитектора И.Ф. Мичурина. Колокольня имела три яруса и была несколько тяжеловесна по пропорциям. Она очень напоминала мичуринскую же колокольню храма Троицы на Арбате. В 1891 году в ней устроили храм св. Екатерины. В своих работах, в частности и в Златоустовской колокольне, Мичурин использовал элементы «нарышкинского барокко» рубежа XVII—XVIII веков; поэтому его творчество считается переходным от старомосковского зодчества к архитектуре Нового времени.

В 1757—1761 годах в монастыре на месте сгоревшей Спасской трапезной церкви выстроили одноглавую Троицкую церковь с приделом св. Димитрия Ростовского. Позднее к нему добавился придел св. Иннокентия Иркутского. Первоначально церковь на этом месте была выстроена в монастыре думным дворянином Василием Зюзиным в конце XVI века; возможно, частично она сохранялась в недрах новой постройки. В XVIII веке в монастыре существовала еще построенная родом Матюшкиных надвратная церковь Иоанна Воина, в 1757 году сгоревшая и разобранная. Каменная ограда монастыря строилась в течение всего XVIII века, начиная с 1705 года. Во второй половине XIX столетия возвели новую ограду с тремя башнями. В целом ансамбль монастыря представлял редкий для Москвы архитектурный комплекс стиля барокко.