Деревянный царский дворец в 1767 году разобрали, разнообразные хозяйственные строения и затеи захирели и разваливались. Новую жизнь вдохнул в него указ императора Николая I: 26 ноября 1838 года император утвердил проект создания в бывшей царской усадьбе богадельни для инвалидов и ветеранов военных кампаний. Ее стали называть Измайловской, позднее, при Александре III, — Николаевской. Богадельня предназначалась для ветеранов и инвалидов Отечественной войны 1812 года, русско-персидских и русско-турецких войн 1820-х годов.

Измайловский остров был передан военному ведомству. В 1839—1849 годах архитектор К.А. Тон пристроил к Покровскому собору с севера и юга два солдатских трехэтажных корпуса, а с востока, почти вплотную к апсидам, поставил офицерский. Вид древнего собора оказался серьезно искажен; Тон, по-видимому, просто воспроизвел классическую схему богоугодного заведения XVIII—XIX веков: протяженное симметричное здание с храмом в центре На строительство богадельни ежегодно расходовалось несколько сот тысяч рублей,

поступавших и от Военного министерства, и от благотворительных организаций.

Торжественное открытие богадельни состоялось 12 апреля 1849 года в присутствии самого императора, великих князей Александра Николаевича (будущего императора Александра II) и Михаила Павловича.

В Измайлове появились новые постройки: водоподъемная машина, флигели, жилые корпуса, дома для служащих, склады, фонтан, чугунные въездные ворота. В 1855 году по проекту архитектора М.Д. Быковского построили на месте царского дворца второй офицерский корпус. Церковь Иоасафа Царевича стала вторым храмом военной богадельни.

Обычно военные богадельни России были рассчитаны на 40—50 человек. Измайловская была одной из двух самых крупных. В 1851 году в ней жили 200 «нижних чинов» и 10 офицеров; в 18б8году— соответственно 416 и 16; в 1912 году — 15 офицеров и 402 «нижних чина».