Алексеевская церковь была построена в 1680—1686 годах, как и смежная Благовещенская, на средства и по проекту царя Федора Алексеевича — «по его Государскому чертежу и указной мере», как гласила надпись на доске при входе в храм. Это, видимо, первый случай в русской истории, когда царь выступил в роли архитектора, С XVII века церковь считалась главным монастырским собором.

В нем крестили царей Федора Иоанновича, Алексея Михайловича, Петра I. 18 апреля 1818 года здесь крестили наследника Александра Николаевича, будущего императора Александра II.

А в 1820-е годы храм приобрел значение воинского мемориала. Здесь хранились трофеи русско-персидской войны 1826—1828 годов: первую победу над персами Николай I, находившийся в Москве, праздновал именно в Чудовом монастыре и в церкви велел поставить шахские знамена и повесить ключи от взятых персидских городов. Эти трофеи, «взятые у Кизильбашей», были отправлены из Петербурга в Чудов монастырь и прибыли в Москву 21 ноября 1826 года. Размещением трофеев руководил в 1827 году О.И. Бове, знаменитый московский архитектор. В «Формулярном списке о службе и достоинстве» Бове значится: «Поручено ему согласно Высочайшего повеления сделать приличное и удобное размещение знамен и ключей, взятых в сражении у персиан для хранения оных в Чудовом монастыре с надписями на щитах, в каком сражении  взяты, что и исполнено, 1827, августа, 13».

Шахские знамена, бунчуки и ключи от крепостей до самого закрытия монастыря в XX веке украшали интерьер Алексеевской церкви. Николай пожертвовал на раку с мощами св. Алексия Митрополита, находившуюся в храме, и памятную золотую медаль, отлитую в честь побед над персами.

В ходе войны 1826—1828 годов, начатой Персией с целью отобрать у России Восточное Закавказье, русские войска заняли Нахичевань, Эривань, Тебриз. Война закончилась Туркманчайским миром 1828 года, по которому к России отошли Эриванское и Нахичеванское ханства (значительная часть территорий современных Азербайджана и Армении), а также было подтверждено право России иметь на Каспийском море военный флот. Мирный договор, заключенный в селении Туркманчай 22 февраля 1828 года, составлял основу русско-иранских отношений до 1917 года.

Надо полагать, что император придавал этой почти забытой ныне войне такое значение потому что это была первая победоносная война его царствования, если не считать, конечно, подавления декабрьского мятежа 1825 года в Петербурге. Но об этом успехе император скорее старался заставить позабыть всех окружающих.