В 1905 г. Забелин составил завещание, по которому 170 тыс. руб. выделялось научным учреждениям, 70 тысяч — Историческому музею на приобретение новых коллекций, 30 тысяч на издание наследия Забелина. Он возвращал музею свое жалованье за все годы! службы. Музею завещал свою библиотеку коллекции рукописей, икон, карт, эстампов.

Публикуемая часть дневников15 — время последнего царствования в истории России — отражает завершающий этап жизненной и творческой биографии Забелина. В эти годы он создает «Историю города Москвы», переиздает с дополнениями свои прежние работы, пишет статьи и доклады. Исторический музей, в котором он с 1885 г. служил товарищем председателя, стал местом и смыслом его жизни. Громадный научный авторитет Забелина поднимал престиж музея в обществе. «Многих привлекало не имя музея, а имя Забелина, шли к нему», — вспоминал академик М.Н. Сперанский, молодым человеком работавший с Забелиным16.

Формирование коллекций музея — одна из основных забот Забелина. О плодотворном его труде красноречиво говорят цифры: в 1886 г. в музее насчитывалось 15 тысяч вещей, к 1908 г. — сотни тысяч. Еще в начале своей научной деятельности Забелин восхищался талантом Н.В. Гоголя умением подмечать мелочи, дающие яркую картину действительности. Большое внимание уделял Забелин собиранию не только исторических раритетов, но и бытовых обыденных вещей. Благодаря широкому собирательскому спектру музей выполнял свою основную задачу — определить место России в цивилизованном мире и показать жизнь народов, когда-либо населявших территорию империи. Музей также становился научным, информационным, культурным центром города и страны. Собрания музея предоставлялись для занятий историкам, научным обществам, учреждениям, учащимся. В аудитории музея (построена в 1889 г.) читались лекции по истории и археологии. Здесь же проходили различные съезды, заседания Московского археологического общества, Товарищества художников, Нумизматического общества, Общества сельскохозяйственного птицеводства, коннозаводчиков и т.д. 90 раз в год предоставлялась аудитория для различных мероприятий.