В 1896   г. комитет обратился в совет ОЛДП с просьбой принять собранный материал в епархиальную библиотеку и создать при Обществе особый, историко-археологический отдел. Сам Комитет вливался в состав Общества и с октября 1896 г. стал именоваться Историко-археологическим отделом. Вскоре при этом отделе была образована редакционная комиссия по составлению историко-статистического описания Московской епархии и священники — члены отдела распределены по отдельным частям и сорокам Москвы. Так, дело описания Кремля стал курировать Н.Д. Извеков; Китайского сорока — В.Ф. Руднев; Сретенского сорока — А.П. Доброклонский и Н.А. Скворцов; Ивановского сорока — Н.А Романовский и т.д. Координацией этой работы занимался председатель Историко-археологического отдела М.С. Бого- любский.

Несмотря на богатейший собранный фактический рукописный материал, сотни опубликованных книг, брошюр, статей и заметок, издать систематизированный свод церквей и монастырей Москвы и Подмосковья не удавалось. Между тем большинство менее именитых и менее богатых православными святынями епархий давно уже имели подобные справочники или описания. В 1900 г. епархиальные власти вновь отказались финансировать издание историко-статистического описания Московской епархии, и тогда было решено соединить в один отделы ОЛДП — иконо- ведения и историко-археологический. Так, в октябре 1900 г. возник новый Церковно-археологический отдел (ЦАО), объединивший все тех же деятелей, много лет разрабатывавших церковнокраеведческую тематику.

Задачи нового отдела были шире функций прежних подразделений общества, занимавшихся преимущественно собиранием сведений для историко-статистического описания. В ЦАО должны были разрабатываться вопросы церковной истории, археологии, литургики, иконографии, кроме, естественно, занятий «историко-археологическими изысканиями, касающимися построения храмов, расположения частей их, украшения орнаментами, стенной живописью, иконами». Для достижения этих целей предполагалось осматривать храмы и собирать сведения о всех хранящихся в них древних предметах.