Однако все предложения относительно сноса укреплений были отклонены. Крепость сильно пострадала во время событий 1812 г. Ее ремонты, проводившиеся после войны, в 1820-е гг., изменили внешний вид памятника, так как проводились без учета его стилевых особенностей. На стенах появились зубцы типа «ласточкин хвост», стены были укреплены контрфорсами, заложены старые подземные ходы и бойницы подошвенного боя. Кроме того, некоторые крепостные башни были снесены в 1818 — 1819 гг., а часть крепости все еще нуждалась в ремонте. В те годы она находилась в ведении Комиссии для городских строений, учрежденной после войны 1812 г.

Распоряжение Николая I «О доставке сведений об остатках древних замков и крепостей или других зданий древности и о запрещении разрушать их», вышедшее в 1826 г., к сожалению, мало повлияло на состояние Китайгородской крепости.

В связи с этим распоряжением Комиссией для городских строений был проведен лишь небольшой ремонт зубцов и башен, «самую же стену от Владимирских до Варварских ворот и от оных до проезда из Зарядья на набережную по ветхости ея следует исправить с обеих сторон, но к сему не приступается по неимению суммы.»5.

В 1842 г. Комиссия для городских строений рассмотрела вопрос о перестройке Китайгородской стены на отрезке от Ильинских до Варварских ворот. Судя по описанию повреждений, их причиной могли стать послевоенная некачественная перекладка лицевой части стены, отчего стена как бы «расслоилась».

Комиссия сначала предложила разобрать этот участок до основания, но потом «в виде опыта» решила произвести укрепление стены с помощью железных стяжек-ершей и последующей заливки поверхности стены асфальтом6. Эти работы были проведены, но, как отметили члены комиссии, «за. устойчивость стены отвечать можно будет в продолжение только нескольких лет, ибо работы сии были произведены в виде опыта».

Передача крепости в конце 1840-х гг. в ведение Управления IV округа путей сообщения никак не отразилась на судьбе крепости. Крупных ремонтов, а тем более реставраций управлением не проводилось.

А с 1867 г. крепость находилась в системе Строительного отделения Московского Губернского правления.

Однако в эти годы охраной и наблюдениями за состоянием Китайгородской крепости занималось в основном Московское археологическое общество.