Он вводит в употребление прием, который хотелось бы определить как «двойную стилизацию». На реальном теле храма «рисуется» еще один, на стене колокольни обрамление надвратного образа также напоминает храм, благодаря чему богатство ритмов в его сооружениях приобретает особую изощренность».

Гражданские постройки Бондаренко были более скромными, но и среди них можно отметить интересные работы. Так, сын И.К. Полякова, Елисей, заказал Илье Евграфовичу отделку своего дома, которую архитектор выполнил, по его словам, в «русском типе теремка». В 1911 г. И.Е. Бондаренко был выполнен комплекс построек для барона В.Р. Штейнгеля в имении Хуторок  близ Армавира. Часть интерьеров дома была решена архитектором в характерном для этого периода его творчества новорусском стиле. Для коллекции икон Музея русской старины А. В. Морозова Илья Евграфович произвел надстройку дворового крыла дома Морозова во Введенском переулке в Москве. Работ, выполненных Ильей Евграфовичем в стиле неоклассицизма, было немного. «В скромных формах ампира» им было перестроено помещение читального зала Императорского Исторического музея.

Как особый случай в своей практике выделял И.Е. Бондаренко инженерные работы при перестройке Крестовоздвиженской церкви в Иваново-Вознесенске.

Для творческой натуры И.Е. Бондаренко было характерно разнообразие интересов, в том числе собирание книг. Страстная потребность в книге возникла у Ильи Евграфовича еще в гимназические годы. Для приобретения «любимого предмета» Бондаренко экономил даже на завтраках. Собрание Ильи Евграфовича включало в себя книги по искусству, русскому и зарубежному, по отечественной культуре, литературу по Москве и гравюры, часть которых была представлена Бондаренко на экспозиции Исторической выставки архитектуры 1912 г.

Много сил и времени отдавал Илья Евграфович работе в научных обществах, занимавшихся изучением и популяризацией русского искусства. В дореволюционный период он читал доклады в Московском кружке архитекторов-художников, располагавшемся в здании Женских строительных курсов на Ново-Басманной улице.