Несмотря на ощутимые успехи, достигнутые этим институтом, наличие пусть работоспособного, но единственного учебного заведения этого профиля в России не снимало остроты положения. Количество оканчивающих институт в сравнении с потребностями в профессиональных архивистах было невелико.

Об организации систематического образования в области отечественных древностей в Москве ранее всех задумался А. С. Уваров, основатель МАО, инициатор проведения всероссийских археологических съездов, один из основателей Исторического музея в Москве. Исключительно серьезно относясь к проблеме постановки археологического образования, на Ш Археологическом съезде он изложил свои взгляды на проблему в теоретической работе «Что должна обнимать программа для преподавания русской археологии и в каком систематическом порядке должна быть распределена эта программа». Помимо того, что с кафедры МАО Уваров читал лекции по русской археологии, в его планы входило устройство историко-археологических курсов при Историческом музее. Осуществлению замысла воспрепятствовала безвременная смерть Уварова.

Об организации археологического института в Москве хлопотал Н.В. Калачов, даже решил проблему с помещением. Несколько залов нового здания архива Министерства юстиции на Девичьем поле он предполагал предоставить археологическому институту. После смерти Н.В. Калачова проблему пытался решить известный археолог и архивист Д.Я. Самоквасов, но его попытки успехом не увенчались.

Между тем необходимость организации археологического института в Москве к началу века обозначилась достаточно остро. Исконно русский город, Москва являлась средоточием первоклассных памятников прошлых столетий, богатейших архивных и музейных собраний, а к началу века стала средоточием и историко-просветительских обществ, таких, как Общество истории и древностей российских (1804), Московское археологическое (1864), Нумизматическое (1888), Историко-родословное (1904). Организаторы Московского археологического института учитывали эти обстоятельства.