С 1902 г. И.Е. Бондаренко являлся действительным членом Московского архитектурного общества. По его мнению, деятельность Общества активизировалась только с приходом на должность председателя Ф.О. Шехтеля. Высоко оценивал Бондаренко работу И. П. Машкова, называя его «единственным деятельным и более живым человеком в Обществе».

15   декабря 1913 г. открылся V Всероссийский съезд зодчих в Москве, секретарем которого был избран Илья Евграфович". При съезде работали три выставки: Строительно-техническая, Историческая и Художественно-архитектурная. Председателем Комиссии по устройству Исторической выставки архитектуры и художественной промышленности был Бондаренко, вместе с ним в ее организации принимали участие хранитель Оружейной палаты В.К. Трутовский и архитектор Н.Б. Бакланов".

К съезду И.Е. Бондаренко подготовил доклад «О московской архитектуре»12 и статью «Зодчество Москвы восемнадцатого и начала девятнадцатого века», опубликованную в 1913 г. в «Путеводителе по Москве».

С 1914 г. И.Е. Бондаренко являлся членом- корреспондентом Императорского Московского археологического общества14.

Что касается активной архитектурной деятельности, то она была прервана сначала первой мировой войной, а затем революцией.

С 15 августа 1918 г. Илья Евграфович приступил к работе в центральном государственном органе охраны культурного наследия Советской России — Отделе по делам музеев и охраны памятников искусства и старины при Народном комиссариате просвещения15. До этого, еще в июне 1918 г., была сформирована так называемая Кремлевская комиссия по восстановлению построек Кремля, пострадавших во время боев 1917 г., в состав которой вошел и Бондаренко. С зимы 1918 г. он также участвовал в работе Комиссии по охране памятников Троице-Сергиевой Лавры.

В 1919 г. Бондаренко участвовал в научных экспедициях по изучению памятников Верхней и Средней Волги16, в обследовании и реставрации памятников Владимира. Кроме этого, им были предприняты поездки в Нижний Новгород, Рязань, Петроград для обследования архитектурного наследия.

В 30-е гг. деятельность Ильи Евграфовича была связана с работой в Музее истории и реконструкции Москвы и Музее Академии архитектуры.