Ко дню кончины П.И. Щукина (12 октября 1912 г.)

было описано 14 125 предметов. Впоследствии были написаны 4 инвентарные книги, включающие 23 911 номеров. Главным образом в них учтены вещественные материалы, но встречаются отдельные записи грамот, дипломов, патентов на чины, рукописных книг, и только последние 11 номеров содержат записи архивов.

После смерти Петра Ивановича (он умер от аппендицита и похоронен на Покровском кладбище, ныне не существующем) его музей был опечатан и прекратил свое существование как самостоятельное учреждение. Началась работа по перевозке коллекции в Исторический музей.

В 1912 г. были организованы три новых отдела: рукописей, архива и эстампов. С июля 1914 г. «введены, кроме того, дополнительные штаты для обслуживания Щукинского собрания

—    4 научных сотрудника, 2 хозяйственно-административных и 5 вольнонаемных служащих»". Перемещение Щукинского музея продолжалось до 1925 г. При поступлении в Исторический музей коллекция была распределена по всем фондовым отделам.

Дальнейшая судьба комплекса зданий музея П.И. Щукина сложилась достаточно прозаично: в 1923 — 1924 гг. в нем хранились фонды музея «Старая Москва»; в 1924 г. комплекс передали Госплану для музея Центральной промышленной области; в 1928 г. ввиду недостатка помещений для студенческих общежитий в Москве этот музей был вынужден свернуть свою экспозицию и предоставить помещения под общежитие; в 1934 г. по ходатайству М. Горького, комплекс зданий по Малой Грузинской, дом 15, был передан Государственному биологическому музею им. К.А. Тимирязева.

Итог собирательской деятельности П.И. Щукина подвел его современник и коллега А.В. Орешников: «Собраний древностей, конечно, не таких крупных и разнообразных, как щукинское, но все же значительных, немало, но владельцев таковых, подобных покойному П.И. Щукину встретить можно редко. Такие гражданские подвиги не часты, ими должно гордиться, и имя П.И. Щукина отныне занесется на страницы истории русского просвещения».

Свои «Воспоминания», охватывающие период 1880 — 1912 гг., П.И. Щукин написал перед самой смертью, ему же посчастливилось самому опубликовать их в 1912 г.