Лишь часть семьи уцелела на месте, в Боровске; другая ветвь рода, основателем которой был Василий Петрович Щукин, укрепилась в Москве. Его сын, Иван Васильевич Щукин (1817 — 1890), купец 1-й гильдии, служил в Учетном комитете Московской конторы Государственного банка, был одним из учредителей Московского Учетного банка, Товарищества ситцевой мануфактуры А. Гюбнера и Трехгорного пивоваренного товарищества. В 1888 г. ему было присвоено звание коммерции советника.

И.В. Щукин был женат на Екатерине Петровне Боткиной, дочери богатого чаеторговца Петра Кононовича Боткина. Это родство сближало Щукиных с многочисленным семейством Боткиных, среди второго поколения которых было много виднейших представителей русской культуры и науки. Так, Екатерина Петровна приходилась родной сестрой известным писателям и коллекционерам Василию, Михаилу и знаменитому врачу и ученому Сергею Боткиным. Сестра Екатерины Петровны Мария была замужем за А.А. Фетом, а Надежда — за И. С. Остроуховым. Страстным коллекционером был двоюродный брат Петра Ивановича Щукина, профессор С.С. Боткин, женатый на дочери П.М. Третьякова Александре.

«Иван Васильевич был старым другом К.Т. Солдатенкова, знаменитого издателя и владельца картинной галереи, пожертвованной им впоследствии в Румянцевский музей. Он старался дать детям хорошее образование и организовал в доме целый штат гувернеров, воспитателей и преподавателей» — так пишет в своей книге И.Э. Грабарь.

У Ивана Васильевича и Екатерины Петровны Щукиных было одиннадцать детей: четыре дочери и семь сыновей, пятеро из них стали коллекционерами.

Николай Иванович (1852 — 1910) — потомственный почетный гражданин, коммерции советник, попечитель училища Даниловской мануфактуры и Орловской лечебницы, член правления Трехгорного пивоваренного товарищества, собирал старинное серебро и картины, но его небольшая коллекция была им распродана.

С конца 80-х г. главное место в торговом деле отца стали занимать братья Петр и Сергей Ивановичи: первый больше занимался заграничными закупками тканей, второй — торговлей в Москве. Когда же все наследники постепенно выбрали свои части из общего капитала, Сергей Иванович превратился в главного руководителя семейной фирмы.