Во время Великой Отечественной войны И.Е. Бондаренко, которому было уже за семьдесят, принимал активное участие в спасении памятников, занимался популяризацией историко-культурного наследия страны. В период с 1942 по 1946 г. им было прочитано около 100 лекций в госпиталях Москвы по темам: «Старая Москва», «Памятники русской архитектуры. Московский Кремль», «Москва в эпоху 1812 г.», «Создание Москвы и ее памятников», «Фашисты и русская культура», «Славянство и фашизм».

С сентября 1943 по 1944 г. И.Е. Бондаренко был главным архитектором Ваганьковского и Армянского кладбищ. В 1945—1946 гг. архитектор участвовал в послевоенном восстановлении Путевого дворца в Калинине".

Илья Евграфович Бондаренко скончался в возрасте 77 лет 20 июля 1947 г. и погребен на Новом кладбище Донского монастыря в Москве.

Над своими мемуарами, названными «Записки художника-архитектора», И.Е. Бондаренко работал во 2-й половине 1930-х гг. Тогда же он готовил их публикацию, которая так и не осуществилась. Две редакции полного машинописного текста «Записок.» и подготовительные рукописные материалы хранятся в личном фонде архитектора в РГАЛИ. Главы воспоминаний для настоящей публикации взяты из последней редакции. Тексты приводятся с незначительными сокращениями повторов и разоблачительно-критических вставок, обусловленных временем написания мемуаров; проведена значительная литературная редактура без искажения смысла оригинала.

Летом 1900 года, вернувшись из Парижа, я поселился в небольшой квартирке из четырех комнат, отделанных мною просто, — я желал создать изящный уют, необходимый и для работы, и для отдыха.

Получил место архитектора по домам братьев Берг1. Моя обязанность заключалась в осмотре этих домов, составлении соображений о необходимом их ремонте и перестройках, для чего нужно было объезжать разбросанные по Москве десять домов, давать указания управляющим и отвозить раз в месяц свои отчеты в контору Бергов, на Варварку.

Просматривая отчеты управляющих домов, в графе расходов я увидел экстраординарные расходы, обозначенные как «праздничные» или как «воопче».