Екатерина II считала его одним из главных зачинщиков волнений, и по ее приказу Челищев был возвращен в Россию раньше других студентов, в сентябре 1770 года (документы о пребывании и «бунте» русских студентов в Лейпциге см.: Старцев, Университетские годы). По возвращении Челищев недолгое время служил при статс-секретаре императрицы А. В. Олсуфьеве, затем на военной службе и вышел в отставку в чине секунд- майора. Бывая наездами в Петербурге, Челищев встречался с Радищевым; был он в городе и в январе 1790 года, когда началась работа по печатанию «Путешествия» . Начав читать книгу и дойдя до главы «Чудово», Екатерина II заподозрила Челищева в соавторстве «Путешествия». Затем, уже точно зная имя автора книги и прочтя «Письмо к другу, жительствующему в Тобольске» Радищева, императрица назвала его «первым подвизателем» Французской революции в России и добавила: «Я думаю, Челищев едва ли не второй» . Во время следствия Челищева в Петербурге не было, что, по-видимому, спасло его от допроса (так же, как и решительное отрицание Радищевым знакомства его друга с «Путешествием»). Однако в 1791 году Челищев предпринял поездку в Архангельск, где служил Моисей Николаевич Радищев. Когда в 1797 году писатель возвращался из Сибири, Моисей встретился с ним в Муроме, и вскоре после этого начали появляться списки допечатных редакций «Путешествия». Если сопоставить эти факты, можно предположить, что Челищев ездил специально для встречи с любимым братом своего друга, чтобы решить вопрос о сбережении каких-то рукописей «Путешествия». Во время поездки Челищев вел дневниковые записи, озаглавленные «Подробный журнал путешествия моего 1791 г.» (издан Л. Н. Майковым под названием «Путешествие по северу России в 1791 году». СПб., 1886). Проблема крепостного права не занимает в дневнике Челищева такого места, как в книге Радищева, возможно, потому, что большая часть путешествия проходила по северным губерниям, где крепостных деревень почти не было (в Олонецкой губернии крепостные составляли всего 6 процентов от общего числа крестьян, в Архангельской их не было совсем).