Несмотря на эти бедствия княжество Московское все-таки было сильнее других княжеств и, начиная с Василия I, великокняжеский престол не оспаривается другими князьями у князей Московских, а сын его Василий II Темный, последний из князей, ездил в Орду и был торжественно венчан на великое княжение не во Владимире, как это было прежде, а в Успенском соборе в Москве и еще при своей жизни без всяких препятствий назначил преемником своим сына своего Иоанна, впоследствии названного Великим, с которого начинается новая эпоха для всей России: она из великого княжества становится государством Московским. Иоанн III осуществил, во- первых, давнишнюю тайную мысль великих князей Московских, соединил в одно целое разъединенные уделы. Так, он покорил Тверь и Новгород Великий с колонией его Вяткой, присоединил к Московскому государству удел Верейский, подчинил своей власти князей Рязанских, Суздальских, Черниговских, Рыльских, Трубчевских и других. Во-вторых, не только перестал быть данником татар, но и подчинил Казань, покорил Пермь и завоевал землю Югорскую.

Иоанн III распоряжался уже и князьями не как старший в роду, но как полновластный государь. С боярами он держал себя гордо, грозно, заставлял их давать себе письменные обязательства (записи), что они не уедут ни в Литву, ни к государям — братьям его и никуда до самой их смерти, и советовался с ними реже, чем его предшественники. С Иоанна III, титул великих князей Московских стал писаться: «Иоанн, Божьей милостью Государь всея Руси и великий князь Владимирский, и Московский, и Новгородский, и Псковский, и Тверской, и Угорский, и Болгарский». При нем же был изменен государственный герб. До 1472 года на гербе изображали ангела, держащего в руке кольцо и человека с обнаженным кинжалом, а с 1472 года — льва, терзающего змею. Иоанн велел заменить это изображение, с одной стороны, греческим двуглавым коронованным орлом, с другой — гербом Москвы: всадник пожирающий дракона, с надписью вокруг: «Великий князь, Божьею милостью Государь всея Руси».

Сделавшись полным властелином государства Московского, Иоанн III стал входить в сношения с иностранными государствами, выписывать искусных архитекторов и живописцев, и Москва из ничтожного городка, о котором упоминалось вскользь еще в половине XIII столетия, в конце XV века делается столицей царей русских, первым торговым городом в России и застраивается многими каменными зданиями.