В этом монастыре он приготовил себе и гроб, в котором завещал положить себя по смерти; написал завещание и вручил монастырь самому великому князю Дмитрию Иоанновичу, призвал к себе преподобного Сергия и дал ему золотой крест с парамандом. Преподобный долго отказывался, говоря, что «от юности моея не был я златоносцем и в старости хощу в нищете пребывати»; но св. Алексий принудил его принять крест и параманд. «Исполни, чадо, послушание», — говорил святитель и своими руками возложил крест на преподобного Сергия. После этого он начал говорить, что приближается конец его жизни и что он желает избрать преемником себе преподобного Сергия как достойного по жизни пастыря. Сергий, отказываясь от сего предложения, говорил: «Прости меня, владыко свя- тый, выше меры моея есть сие». Блаженный Алексий, видя непреклонность Сергия, отпустил его в прежнюю обитель.

Предчувствуя конец своей жизни, святитель Алексий, будучи в глубокой старости, дал знать об этом великому князю Дмитрию Иоанновичу. Совершив божественную литургию и причастившись св. Христовых тайн, он всем окружавшим его преподал мир и благословение, после того начал читать отходную молитву, но, не успев еще окончить ее, мирно скончался на 85-м году своей жизни, 12 февраля 1378 года.

Место, где теперь находится Чудов монастырь, говорят, было никогда двором ханских послов, в котором жили приезжавшие на Русь послы ханов. Пользуясь милостью хана, приобретенной исцелением его жены, св. Алексий избрал это место для своего монастыря и устроил церковь во имя Чуда архистратига Михаила. Спустя около 60-ти лет по смерти св. Алексия верх церкви обрушился, но алтарь остался невредимым, так что священнослужители, совершавшие божественную литургию, были спасены. Когда копали ров для нового каменного здания, на южной стороне полуразрушившегося храма были обретены нетленные мощи святителя Алексия.

Настоящим своим устройством и благолепием церковь Чуда архистратига Михаила обязана митрополиту Платону. При нем она была возобновлена, и внутренность ее расписана изображениями чудес архистратига Михаила и некоторыми событиями из священной истории. Иконостас этой церкви устроен наподобие иконостаса Успенского собора. В южной стороне алтаря сохранилось и место, где обретены нетленные мощи святителя Алексия.