В 1686 году придел Благовещения, находившийся при храме Чуда архистратига Михаила, перенесен был в новую церковь, сооруженную впоследствии патриархом Адрианом в честь святителя Алексия митрополита. Когда сооружена была церковь св. Алексия, то и мощи его перенесены были из Архангельской в новоустроенную. Сами благочестивейшие цари Иоанн и Петр и царевна Софья переносили мощи святителя Алексия торжественно, с крестным ходом, и поставили на месте, где онц. почивают и доныне. По левую сторону мощей его, в киоте, за стеклом, хранится драгоценное его облачение, в коем он был погребен, а в ризнице находится драгоценное Евангелие, писанное, по преданию, самим святителем.

Кроме церквей Архангельской, Благовещенской и Алекси- евской, к Чудову монастырю принадлежала некогда церковь апостолов Петра и Павла, находившаяся в прежде бывшем архиерейском доме, а ныне в императорском Николаевском дворце.

Как Спасский монастырь был в древности великокняжеским, так Чудов митрополичьим. При нем было кладбище, на котором погребались российские первосвятители и знаменитые бояре. Здесь погребены митрополиты: Феодосий, Симон и Афанасий и знаменитый патриарх Гермоген, который в этом монастыре мученически окончил жизнь свою (и был потом перенесен в Успенский собор), Епифаний Славинецкий, ученый муж XVII века. Здесь погребен блаженный и Христа ради юродивый Тимофей, портрет которого хранится в митрополичьих покоях. На его надгробии можно прочитать следующую надпись: «1731 года, мая в 29 день, при державе благочестивейшия и великия государыни нашея, императрицы Анны Иоанновны, самодержицы всея России, преставися раб Божий Тимофей, Архипов сын, который, оставя иконописное художество, юродствовал миру, а не себе, а жил при дворе матери ее императорского величества, государыни императрицы, благочестивейшия государыни, царицы и великия княгини Параскевы Феодоровны, двадцать восемь лет и погребен в 30 день мая». Говорят, Тимофей, когда видал царевну Анну у царицы Параскевы Федоровны, то повторял слова: «дон, дон, царь Иван Васильевич!». По вступлении своем на престол Анна Иоанновна вспоминала это предсказание и нередко ездила в Чудов монастырь служить панихиды над могилой блаженного Тимофея.