Прошло немного времени; св. Алексий не успел еще успокоиться, как опять должен был идти в Орду. По смерти татарского хана Чанибека сын его Бердибек занял его место. Он отличался жестокостью и необузданным нравом; все трепетало в его царстве. Он вознамерился вторгнуться с огнем и мечом в Россию. Услышав об этом, великий князь Иоанн Иоаннович упросил св. Алексия снова идти в Орду, дабы умиротворить хана Бердибека. Благочестивый и кроткий Алексей показал и здесь великие подвиги своей пастырской ревности: он успел смягчить гнев и гордость Бердибека и благополучно прибыл в Россию. Радостно было его возвращение для всего русского народа. Сам великий князь с сыном своим Дмитрием и бесчисленное множество народа торжественно встретили митрополита с крестным ходом. Все благодарили Бога, давшего благодать Свою угоднику Алексию.

Во время путешествия в Орду св. Алексий неоднократно испрашивал от татарского хана благоволение и милость для церкви и государства. Ясным доказательством этого служат хранящиеся в патриаршей ризнице грамоты и перстень, подаренный ему ханом Чанибеком. Этот подарок имел большое значение для святителя, так как служил печатью татарского хана, которую он прикладывал к грамотам. Говорят, что вследствие получения этого перстня, или печати, на коей изображен дракон — герб татарский, св. Алексий получил от хана право на избрание места для построения Чудова монастыря.

Спустя некоторое время после второго путешествия в Орду, где св. Алексий показал необыкновенные подвиги пастырской деятельности, он начал заниматься устройством монастырей. Вспоминая обет свой Богу, когда избавлен был от потопления в море, он возымел желание основать монастырь. Но прежде чем приступить к исполнению своего намерения, он отправился за советом к преподобному Сергию, славившемуся в то время духовной жизнью. Получив от него согласие и в помощь одного из учеников его, по имени Андроника, митрополит пришел в Москву и начал строить близ реки Яузы монастырь во имя Нерукотворенного образа Спасителя и здесь поставил образ Спасов, который принес с собой из Константинополя. Это было в 1360 году.

Спустя немного времени св. Алексий устроил и некоторые другие монастыри, как-то: Владычный в Серпухове, Благовещенский в Нижнем Новгороде и Цареконстантиновский во Владимире. За несколько лет до своего преставления св. Алексий воздвигнул, в 1365 году, монастырь во имя Чуда архистратига Михаила, с приделом Благовещения Пресвятой Богородицы.