По той же причине был установлен высокий номинал паев Купеческого банка, а для продажи паев, которым «присваивалась исключительно именная форма», по первому проекту устава требовалось согласие всех остальных пайщиков и специальное разрешение правления. Но вскоре возникла необходимость привлечь новых пайщиков, и указание на «товарищеский» характер банка из устава было исключено. Паи могли свободно продаваться, но ввиду высокой их стоимости редко становились предметом биржевых сделок. В банке сложилось руководящее ядро из числа предпринимателей — пайщиков, вошедших в основной распорядительный и контролирующий орган банковского управления — совет. В его состав избиралось до 20 человек, представлявших элиту московского купечества.

Высокая компетенция некоторых московских банков отличала их от петербургских собратьев, где совету, как правило, отводилась исключительно наблюдательная функция, а непосредственное ведение дел возлагалось на правление. В составленной в 1916 г. юбилейной истории отмечалось, что «совет, избираемый из среды пайщиков, является деятельным руководящим органом, принимая непременное участие во всех более или менее важных операциях банка: многие дела, которые по уставам других банков относятся к ведению одного лишь правления, в

Московском Купеческом банке решаются окончательно советом». Совет, таким образом, постоянно держал руку на пульсе банковской жизни и определял, по существу, его политику. Во главе совета первое время находился Кокорев, но вскоре он уехал из Москвы ради осуществления своего нового проекта — Волжско-Камского банка. На посту председателя в 1869 г. его сменил хлопчатобумажный фабрикант, глава Московского биржевого комитета (1865—1868 гг.) И.А.Лямин. Состав совета оставался стабильным на протяжении многих лет. В него входили известные владельцы текстильных фабрик, торговцы мануфактурой  и пушниной, московские железнодорожные «короли», банкиры  и другие крупные капиталисты.

Правление было сформировано из опытных в банковском деле лиц. Первым его председателем стал Ф.В.Чижов (1866—1869), в 1870—

1877 гг. он возглавил совет банка. Затем его сменил И.К.Бабст (1869—1878).