Новой отраслью деятельности банка в начале XX в. стало участие в финансировании хлопкоторговых операций московских фирм. С конца XIX в. московские промышленники все активнее проникали на среднеазиатский рынок, стремясь обеспечить свои предприятия местным хлопком, более дешевым, нежели привозной американский и египетский. В 1907  г. при Московском биржевом комитете был организован особый Хлопковый комитет, председателем которого стал глава совета Купеческого банка Г.А.Крестовников.

Одним из крупнейших покупателей явилась фирма Кнопов, которой суждено было стать главным партнером банка в новой для него области. В 1898 г. Кнопы получили разрешение приобретать недвижимость в Туркестане, а в 1905 г. основали специальную дочернюю компанию — Андреевское торгово-промышленное т-во с основным капиталом 750 тыс. р., который к 1906 г. был увеличен до 2 млн р.

По сохранившимся материалам совета Купеческого банка отношения с Кнопами в сфере хлопкоторговли прослеживаются с 1907 г., когда с торговым домом был заключен договор, согласно которому ему предоставлялся рекордный для частной компании кредит в сумме 8 млн р., а банк получал право на участие в прибылях по закупкам фирмой среднеазиатского хлопка . Соглашение стало симптомом дальнейшего сближения Кнопов с банком, ибо речь теперь шла не просто о финансировании, а о взаимовыгодном партнерстве, в ходе которого банк опирался на уже готовый торговый аппарат фирмы, выделяя ей необходимые средства на расширение закупок.

Ссуды под транспортные квитанции на хлопок в 1907—1908 гг. выдавались также Т-ву Невской бумагопрядильни и торговому дому в Москве «Тарасов и Кеворков», но в гораздо меньших размерах. Одновременно банк начал готовить почву для самостоятельного участия в новой отрасли. Осенью 1907 г. уполномоченный совета В.В.Гречищев был командирован в Фергану и Коканд «для ознакомления с положением дела». Собственное отделение банка в Коканде было открыто позже, в 1910 г.

Начало операций в Туркестане привело к важным изменениям в жизни банка. На майском 1907 г. собрании пайщиков совету банка

было поручено подготовить соображения по вопросу об увеличении основного капитала банка.